전체 글546 Vanquish Neo 에서 컬럼규격 설정 및 관련 셋팅방법 Vanquish Neo 장비의 특징중 하나는 모든것이 통합적으로 연결되어 있는것입니다. 그 예로 시스템에 장착된 LC 컬럼의 규격을 입력을 해야 됩니다. 컬럼의 내경, 길이, 그리고 견딜수 있는 압력등을 입력합니다. 그러면 시료를 주입하는 과정에서 컬럼 Washing, Equilibrium 등에 소요되는 Volume을 자동적으로 계산되어 적절히 조절합니다. 아래는 컬럼의 규격을 설정하는 스크립트입니다. EasySpray 컬럼, 내경 75um, 길이 15cm 컬럼에 대한 정보를 입력합니다. 이 컬럼은 약 1500 bar까지 견딜수 있습니다. 스크립트에서 작성이 끝나면 Xcalibur의 LC method에서 Update Column Information 을 클릭해서 업데이트 합니다. 업데이트가 안되는 경우 .. 2022. 2. 20. Vanquish Neo nano UPLC 02 HPLC는 제가 제일 갖고 놀기 좋아하는 장비중 하나입니다. 특히 Nano UPLC는 사용과정에는 Troubleshooting이 아주 많지만 직접 해결한후 정상적으로 작동할때의 즐거움이 있습니다. 많은 연결선이 복잡하게 연결되어 있어서 문제가 생긴곳을 찾는데는 어느정도 논리가 필요합니다. 그렇지 않으면 필요없이 부품을 바꾸는 경우가 많습니다. 가장 쉬운방법이지만 돈이 많이 들어갑니다. 또한 체크하는 과정에서 여러 연결선을 연결하고 끼우다 보면 없던 문제도 새롭게 발생합니다. 즉 증상을 파악한후 최소한의 연결선을 빼서 체크를 해야 합니다. 하지만 Vanquish Neo 는 이렇게 수작업이 제한되어 있습니다. Script를 이용하여 전과정이 자동으로 체크합니다. 아래는 스크린의 첫 화면입니다. 다양한 스크립.. 2022. 2. 19. Orbitrap Eclipse / Vanquish Neo 설치과정 12월말부터 미시간에 있는 작은 연구소에서 일하게 되었습니다. 여기의 연구자들이 프로테오믹스 기술의 필요성을 인지하고 연구소에서 직접 플랫폼을 세우기로 결정한듯 합니다. 이 포지션의 역활은 프로테오믹스 플랫폼은 만들어서 다양한 연구를 진행하는PI들에게 프로테오믹스 기술을 제공하는것입니다. Proteomics Core center 와 같은 역활이지만 비지니스적인면보다는 연구중심의 역활이 더 강합니다. 필요한 모든 장비는 제가 결정해서 구매하면 됩니다. 다행히 채용공고를 하기전부터 Orbitrap Eclipse 구매에 대한 예산을 확보한상태였습니다. 1월부터 필요한 필요한 물품을 계속 주문하고 있습니다. 여기 연구자들은 프로테오믹스 기술에 대해서 자세히 알지 못하기 때문에 구매에 관한 결정은 거의 저의 몫이.. 2022. 2. 15. Adobe Illustrator로 이미지 만들기 연습중 예술감각이 전혀 없지만 혼자 연습중입니다. 2022. 2. 3. Proteome Discoverer vs MaxQuant 알고 있지만 설명하기가 어려운것들이 있습니다. 가끔씩 Proteome Discoverer 가 좋으냐 MaxQuant가 좋으냐 고 물어봅니다. 사실 물어보는 사람들은 이 두 프로그램을 거의 사용해 보지 않은 사람들이 많습니다. 둘중 하나에 대해 정답을 찾을려고 합니다. 아이폰이 좋은냐 삼성 갤럭시가 좋은냐라고 물어보는것과 유사한것 같습니다. 사용해본 사람들은 자신이 좋아하는것이 어떤것인지 알수 있을껍니다. 절대적인 기준이 아니라 자신의 선호도에 따라 달라집니다. MaxQuant는 무료이지만 어느 사용 프로그램에 비해서 뒤쳐지지 않습니다. 오히려 더 좋은 부분도 많습니다. 산출되는 결과가 txt 파일로 생성되기 때문에 다른 추가적인 통계분석 프로그램에도 문제없이 상요할수 있습니다. 그래서 논문에 나오는 많은.. 2022. 2. 3. MS2 스펙트럼에 Precursor ion 피크가 높은 비율로 존재할때 앞에서도 설명한바 있습니다. 장비를 사용하다 보면 MS2 스펙트럼에 precursor ion이 높은 높이로 존재할때가 있습니다. 전체적으로 일어날수도 있으며 또한 부분적으로 일어날수도 있습니다. 아마 장비자체의 문제로 인해 fragmentation이 효율적으로 되지 않을때 일어나는것 같습니다. 엔지니어를 통해 조치를 받아야 되는 경우입니다. 미리 문제는 파악하고 조치를 하면 상관없겠으나 분석이 모두 끝난후 데이타를 점검하는 과정에서 확인하는 경우가 많습니다. 장비의 Fragmentation에 문제가 있으니 조치를 하고 다시 분석할수 있습니다. 하지만 이것은 상당한 시간이 요구됩니다. 그래서 보통 HCD NCE 값을 약간 증가시킨후 분석할 수 있습니다. 하지만 DDA분석에서는 검출되는 단백질/펩타이드의 수.. 2021. 11. 27. 이전 1 ··· 31 32 33 34 35 36 37 ··· 91 다음
