이번 ASMS때 Single-cell Proteomics(SPC)에 관한 포스터가 상당히 많이 전시되었습니다. 업체뿐만 아니라 많은 연구실의 결과들 입니다.
SPC 실험을 준비하는 입장에서 여러가지 기술적인 부분에 관심이 있었습니다. 시료 전처리의 경우 cellenONE® 장비를 쓰는 경우가 많지만 또한 자체적으로 개발한 시료전처리 방법도 많이 전시되었습니다. 자체적으로 개발한 방법은 일반 실험실에서 사용하기에는 적절한것 같지 않아서 주의깊게 보지 않았습니다. 질량분석기쪽의 최적화를 위한 실험은 대부분은 HeLa standard를 dilution해서 사용하였습니다.
IonOpticks사의 Aurora컬럼으로 좋은 결과들이 많이 나왔습니다.
이번에 알게 된것은 시료전처리나 시료를 녹일때 N-dodecyl-β-d-maltoside (DDM) 를 사용하는것이 었습니다. Cell을 extraction 시킬때나 혹은 HeLa standard 를 Dilution 시킬때 DDM 이 사용되엇습니다. 논문을 찾아보니 이미 널리 사용되고 있었습니다. HeLa standand의 경우 20ug이 Glass vial에 담겨 있습니다. DDM을 사용하면 회수율도 높고 적은 농도에서도 안정적이라고 하네요. 질량분석기에 바로 주입해도 된다고 합니다. Waters의 RapiGest와 유사한 기능이 있습니다.
Trap-column은 실험목적에 따라 다르게 사용되었습니다. 실제 Single-cell을 digestion한 경우에는 Clean-up 과정이 없습니다. 그래서 Trap-column을 사용하는 경우가 많습니다. Clean-up을 하지 못하는 상황이라면 감도가 조금 떨어지더라도 Trap-column을 사용해야 될듯합니다. HeLa standard를 사용한 경우는 Trap-column을 사용하지 않았습니다.
TimsTOF 이나 Astral로 얻은 결과들이 많이 발표되었으나 Orbitrap Eclipse나 Exploris480으로 얻은 결과도 꽤 있었습니다. 시료 전처리 부문만 해결되면 Eclipse나 Exploris480에 FAIMS를 설치하면 연구하는데 문제가 없을듯합니다.
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