프로테오믹스(단백체학)361 Making Single-cell Proteomics Mainstream (Technical note) https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/CMD/brochures/xx-000303-lsms-single-cell-proteomics-Orbitrap-xx000303-na-en.pdf 2024. 12. 13. Vanquish Neo Needle seat issue 다른곳은 모르겠지만 저희 연구소의 경우 Needle seat이 막히는 경우가 종종 있습니다. 물론 시료의 문제이겠지요. Needle seat는 시료가 주입된후 가장 먼저 도달하는 곳입니다. 그래서 Trap-column을 사용하던 사용하지 않던 상관없이 시료가 깨끗하지 않으면 Needle seat가 막히게 됩니다. Needle seat는 이전글https://proteomicstechnology.tistory.com/507https://proteomicstechnology.tistory.com/526 Needle seat의 상태를 확인하는 방법중에 Autosampler pressure 를 체크하는 방법이 있습니다.시료가 주입되고 나면 Autosampler 에서는 Washing 과정이 수행됩니다. 이때.. 2024. 11. 26. Histone H4 tri-acetylation isobaric peptides 많아도 너무 많은 Histone PTMs. 검출하기는 쉬워도 검증하기가 쉽지 않습니다.하나의 펩타이드에 여러 아미노산 자리에 분포되어 있기고 하고 tri-methylation 과 acetylation의 분자량은 거의 유사해서 구분하기도 어렵습니다. 최근에, Histone H4의 펩타이드의 서로 다른 자리에 3개의 acetylation이 붙어 있는 펩타이들이 분리되는것을 확인했습니다. MS2로 구분할 수는 있지만 완벽하게 확인하는것이 쉽지 않네요 Tri-methylation과 acetylation 의 경우 분자량에 차이가 거의 없지만(42.0495 Da: Tri-methyl 42.0105 Da: Acetyl), acetylation의 경우 MS2에 특정한 이온(m/z 126.0912)이 보입니다. .. 2024. 11. 22. Intact Histone variants fractionation 몇개월전에 설치한 HPLC를 이용하여 histone Variants을 분리하고 있습니다. 아직 특별한 계획은 없지만 차후 특별한 histone variants를 분리해서 분석해야 할 일이 있을듯 합니다. 기존의 논문에서 처럼 C18컬럼으로 분리하면 Histone H1, H2, H3, H4 이 잘 분리가 되는것 같습니다.. 더 정밀하게 분리할려면 추가적인 최적화가 필요하겠지요. 아래는 대표적인 논문에 나온 크로마토그램입니다.아래는 직접 분리한 Calf histone 크로마토그램입니다. 표준 Histone과 비교해보면 논문에 나오는 경향대로 분리가 되는것 같습니다. 2024. 11. 5. IDeA National Resource for Quantitative Proteomics Technological Advancement in MS, Data Independent Acquisition and Data Analysis - ThermoFisherhttps://www.youtube.com/watch?v=pvkedXCkHd0 2024. 9. 20. Useful data analysis tools (Johns Hopkins Medicine) https://www.nalab.jhmi.edu/general-8 Useful links | ProteomicsGene Ontology and/or pathway analyses DAVID : Pathway and Gene Ontology analyses Metascape : Gene Ontology and pathway analysis PANTHER : Gene Ontology analysis Webgestalt : Gene Set analysis ARACNe : Reconstruction of cellular networks WGCNA : Weighted cwww.nalab.jhmi.edu 2024. 8. 22. 이전 1 2 3 4 ··· 61 다음
