프로테오믹스(단백체학)358 Intact Histone variants fractionation 몇개월전에 설치한 HPLC를 이용하여 histone Variants을 분리하고 있습니다. 아직 특별한 계획은 없지만 차후 특별한 histone variants를 분리해서 분석해야 할 일이 있을듯 합니다. 기존의 논문에서 처럼 C18컬럼으로 분리하면 Histone H1, H2, H3, H4 이 잘 분리가 되는것 같습니다.. 더 정밀하게 분리할려면 추가적인 최적화가 필요하겠지요. 아래는 대표적인 논문에 나온 크로마토그램입니다.아래는 직접 분리한 Calf histone 크로마토그램입니다. 표준 Histone과 비교해보면 논문에 나오는 경향대로 분리가 되는것 같습니다. 2024. 11. 5. IDeA National Resource for Quantitative Proteomics Technological Advancement in MS, Data Independent Acquisition and Data Analysis - ThermoFisherhttps://www.youtube.com/watch?v=pvkedXCkHd0 2024. 9. 20. Useful data analysis tools (Johns Hopkins Medicine) https://www.nalab.jhmi.edu/general-8 Useful links | ProteomicsGene Ontology and/or pathway analyses DAVID : Pathway and Gene Ontology analyses Metascape : Gene Ontology and pathway analysis PANTHER : Gene Ontology analysis Webgestalt : Gene Set analysis ARACNe : Reconstruction of cellular networks WGCNA : Weighted cwww.nalab.jhmi.edu 2024. 8. 22. FAIMS CV times FAIMS 를 사용할때의 한가지 아쉬운점은 CV가 바뀌때 어느정도 시간이 소요된다는것입니다. 물론 큰 영향은 아닙니다. 하지만 DIA와 같은 정량분석에서는 Peak 당 point가 아주 중요합니다. FAIMS mode에서 CV 갯수가 늘어날수록 그 만큼 잃어버리는 시간이 있기 때문에 point가 줄어들수 있습니다. 2024. 8. 15. Orbitrap Eclipse, 50ngHeLa, FAIMS DDA Method 최근에 질문이 들어온것도 있고 해서 몇가지를 공유하고자 합니다.좋은 결과를 얻기 위해서는 분리가 잘되어야 합니다. 아래는 50ngHeLa로 분석한 크로마토그램의 예 입니다. 1시간 분석에서 앞쪽과 뒤쪽을 빼고는 전 영역에서 펩타이드가 골고루 넓게 잘 퍼저 있습니다. 피크의 모양도 좋습니다. FAIMS (3 CVs), OTIT, PD3.1+CHIMERYS 2.0로 검색하면 약 7,000개 단백질이 검출됩니다. 물론 최근 TimsTOF이나 Astra 장비에 비해서는 적은 숫자입니다. 또한 CHIMERYS가 아닌 SEQUEST로 검색하면 검출수는 훨씬 줄어듭니다. 질량분석기 파마미터는 아래를 클릭하면 다운로드 받을수 있습니다. 처음 장비를 셋팅하시는 분에게는 도움이 될것같습니다. 2024. 8. 11. Orbitrap Eclipse S/W update (FAIMS Voltages : Scanning mode) 최근에 Orbitrap Elipse 소프트웨어 업그레이드를 하였습니다. 이 버젼에서는 FAIMS을 이용한 DDA 분석에서 여러개의 CV에 대해 각각의 Experiment를 만들어야 했습니다.이번 업데이트 버젼에서는 다양한 FAIMS CV값을 한개의 experiment로 만들수 있습니다. 단 DDA만 가능하고 DIA는 불가능합니다. 아래와 같이 CV값의 범위를 정해주고 구역을 나누어 주면 됩니다. 각 간격이 동일한 CV값을 가져야 합니다. 만약 45, 60, 75 V로 만들고 싶다는 불가능합니다. 50ng HeLa standard 를 이용하여 각각의 방법으로 분석했을때 검출수에는 차이는 거의 없습니다.(50ngHeLa, 60min DDA, CHIMERYS 2.0) 2024. 7. 29. 이전 1 2 3 4 ··· 60 다음
