프로테오믹스(단백체학)361 파일사이즈로 시스템상태 체크하기 파일사이즈로 시스템의 상태를 어느정도 체크할수 있습니다. QC 시료의 파일일 사이즈가 점점 줄어든다면 뭔가 이상이 있습니다. 아래는 일련의 QC 크로마토그램입니다. 언뜻보기에는 정상처럼보입니다. 하지만 첫번째에서 5번째까지 파일사이즈가 시간이 지남에 따라 점정 줄어드는것을 알수 있습니다. 다시 크로마토그램으로 돌아가보면 크로마토그램의 뒤쪽부분 부분의 피크의 높이가 약간씩 줄어든것을 알수있습니다. 특히 5번째 크로마토그램에서 확연히 보입니다. 시스템을 다시 점검후에는 문제를 해결후에 아래와 같이 6번째 파일 사이즈의 크기가 다시 커졌습니다. 아래는 실제 연구 시료의 크로마토그램입니다 QC시료에서 보여졌던 문제가 실제 시료에서도 나타났습니다. QC 시료의 파일사이즈를 확인하지 않았다면 계속 실험이 진행되었을.. 2024. 3. 26. CoAnn Technology nano-column (HEB07502001718IWF) 프로테오믹스를 하고 있는 사람이라면 펩타이드에 분리에 사용되는 컬럼에 관심이 많습니다. 더 좋은 성능이 가진 컬럼을 사용하고 싶은 욕망이 있지요. 논문이라 학회에서 보여지는 아주 멋진 크로마토그램을 갖고 싶어합니다. 하지만 실험실의 예산에 따라 사용할수 있는 컬럼이 제한되는 경우가 많습니다. 이전글 Self-packing vs Commerical nano Columns (tistory.com) Thermo사의 uPAC Gen2 컬럼 과 IonOpticks사의 Aurora컬럼 구매 (tistory.com) 저희는 이 컬럼을 사용합니다. 뒤에 WF가 붙으면 Metal union이 연결된 컬럼입니다. HEB07502001718IWF - CoAnn Technologies Union이 있는것과 없는것에 가격에 큰.. 2024. 3. 22. PreOmics Plasma and Serum Enrichment Kit (Enrich-iST)-Mouse 이전글에 Human Plasma에 대한 결과를 보여드렸습니다. PreOmics Plasma and Serum Enrichment Kit (Enrich-iST)-Human 연구소에 다양한 조건의 mouse plasma를 보유하고 있습니다. 아마 실제 연구는 Mouse 로 하지 않을까 생각합니다. 아래는 Mouse plasma에 대한 결과입니다. Orbitrap Eclips+Vanquish Neo (FAIMS) 2hr Gradient CoAnn nano column (HEB07502001718IWF) DIA Mouse Plasma (Neat and PreOmics enrichment) PreOmics Enrich-ist kit Spectronaut 18 Mouse Plasma의 경우 Enrichment ki.. 2024. 3. 22. Exploris480 DIA optimization with FAIMS 이전글에도 적었지만, 이유는 잘 모르겠지만 Exploris480+FAIMS+DIA 옵션에서 예상만큼 좋은 결과를 얻지 못했습니다. LC장비, 컬럼, 시료가 동일 합니다. 장비의 구성으로 보았을때는 Eclipse+FAIMS+DIA 결과와 차이를 보이지 않아야 되지만 실제로는 그렇지 못했습니다. 이러한 이유로 DIA분석은 항상 Eclipse장비로 수행했습니다. 하지만 최근에 다시 Exploris480+FAIMS 파라미터를 최적화 한후 200ngHeLa standard 로 Eclipse+FAIMS 결과(Eclipse_Optimal)와 유사한 결과를 얻었습니다(Ex480_std.). 추가로 Exploris480에서는 define m/z range 옵션이 있습니다. 한번의 cycle에서 서로 다른 isolatio.. 2024. 3. 9. 2024 USHUPO, Portland, Oregon Heading to Portland for USHUPO 2024. 3. 9. Orbitrap Astral, 7417 Proteins (7min, 200ng HeLa) Thermo Fisher사에게 Astral의 raw files을 요청한 후 몇가지 파일을 받았습니다. 보통 슬라이드에 있는 내용은 회사에 유리하도록 만들어진 경우가 많습니다. 그래서 실제 raw file을 분석해보는게 좋을것 같았습니다. 결과는.....놀랍습니다. 200ngHeLa standard를 7분안에 7,000이상의 단백질을 검출했습니다. 약 0.6 sec동안 117 MS/MS가 이루어졌고 마지막 MS/MS 스펙트럼도 아주 좋습니다. Maxium Injection time도 3ms 입니다. Orbitrap Eclise와 Exploris 480을 몇개월동안 최적화를 했는데... Orbitrap Astral은 그냥 7분안에 간단히 끝내버렸네요 2024. 3. 7. 이전 1 2 3 4 5 6 7 ··· 61 다음
