프로테오믹스(단백체학)361 Proteome Discoverer 3.1 workshop records Thermo Fisher Download and Licensing : Login (flexnetoperations.com) Log in - other releases- PD 3.1 Proteome Discoverer Training Workshop 2023. 9. 20. Orbitrap Astral (2023 ASMS Vendor seminar) 저번주에 Thermo fisher 장비판매를 담당하는 몇분이 연구소를 방문하여 최신장비에 대해서 이야기를 했습니다. 대부분 Orbitrap Astral 에 대한 이야기였습니다. 사실 업체측에서 제공하는 결과가 본인의 실험에도 동일하게 나온다는 보장은 전혀없습니다. 그래서 실제 실험실에서 얻은 결과를 보기 전까지는 일단 완전히 신뢰를 하지 않는 편입니다. 하지만 일단 업체측에서 보여준 결과는 아주 좋습니다. 슬라이드에 나온 결과의 약 80%정도만 실제 실험실에서 얻을수 있다면 아주 좋을듯합니다. 최근 Orbitrap Astral에 좋은 결과들 나오고 있고 놀라고 있습니다. 반면 다들 높은 가격으로도 인해 놀라고 있습니다. Orbitrap Astral 1대의 가격으로 3대의 Exploris480을 사는것이 .. 2023. 9. 20. Low Load µPAC Neo Column, 3,300 proteins with 1ngHeLa DIA Sing-cell Proteomics가 많이 발전하고 있는것 같습니다. 개인적으로는 아직까지 시도해볼 생각은 없습니다. 하지만 극소량의 시료를 분석할수 있는 플랫폼을 만들 필요는 있는것 같습니다. 최근에 µPAC Neo 컬럼 시리즈중에 Low loading uPAC Neo컬럼을 구매해서 테스트를 해보았습니다.. 연구소에도 소량의 단백질 분석에 대한 문의가 몇번 있었습니다. 개인적생각으로는 극미량을 분석할수있는 LC-MS/MS분석법을 개발하는것보다는 시료의 양을 많이 확보할수 있는 방법을 찾는것이 더 나은 방법인것 같습니다. 이것은 질량분석기가 없이 실험실 벤치에서도 충분히 할수 있는 작업입니다. 하지만 시료의 양을 증가시킬수 없을 경우를 대비해서 플랫폼이 필요할듯합니다. 아무튼 이번에도 1ngHeLa s.. 2023. 9. 14. Single band에서 1,700 단백질 검출(Eclipse+FAIMS) Pull-down후 SDS-PAGE로 분리한후 특정 단백질의 검출여부를 확인하고자 분석하였습니다. 타겟 단백질의 위치에 해당하는 band를 절단하여 분석하였습니다. 당연히 해당 단백질이 아주 잘 검출될것이라고 예상했습니다. 하지만, 30 min LC gradient로 무려 1,700개의 단백질이 검출이 되었습니다. 물론 해당 단백질도 검출이 되었지만 아주 상위에 속하지는 않았습니다. 시료를 탓해야 될지 Eclipse+FAIMS의 높은 감도를 탓해야 될지 모르겠네요. 2023. 8. 25. 컬럼 Tip의 가벼운 Bubble 없애기 이미 시료가 주입이 되었는데 카메라로 컬럼 끝에서 침을 뱉듯이 버블이 보일때 아주 난감합니다. 분석중에서 Voltage를 올릴수 없기 때문에 이것을 해결하기가 어렵습니다. 만약 컬럼 Tip이 Ion transfer tube(ITT)에서 멀리 떨어져 있다면 ITT쪽으로 옮기면 해결이 되는 경우가 종종 있습니다. Ion transfer tube쪽으로 갈수 전극의 힘이 커지며 또한 진공으로 인해 빨아들여지는 힘이 더 커집니다. 이로 인해 가벼운 Bubble의 경우 일시적으로 해결할수 있습니다. 해당 분석이 끝나면 다시 voltage를 올리든지 아니면 다른 해결책을 찾은후 재분석하면 됩니다. 이상 허접한 팁이 었습니다. 2023. 8. 22. Orbitrap Eclipse와 Exploris480 활용 (with FAIMS) Orbitrap Eclipse 와 Exploris480 장비를 보유하고 있습니다. 이 두 장비로 대부분의 프로테오믹스 연구를 지원하고 있습니다. 두 대의 장비가 공통적으로 가지고 있는 기능이 있지만 Eclipse에서만 가능한 기능들이 있습니다. 다양한 실험을 두 대의 장비를 혼용하여 사용할수 있지만 그래도 뭔가 규칙이 필요하게 되었습니다. 이것은 연구원들이 새로운 실험을 진행하기전 장비를 선택할때 도움을 줄수 있습니다. 두대의 장비를 사용하면서 배운것은 FAIMS는 Eclipse의 OTIT mode에서 가능 높은 감도를 가집니다. Exploris480은 FAIMS가 굳이 필요없는 실험에 주로 사용합니다. 그래서 아래와 같이 대략의 가이드라인을 정했습니다. Orbitrap Eclipse OTIT+FAIMS.. 2023. 8. 19. 이전 1 ··· 4 5 6 7 8 9 10 ··· 61 다음
