프로테오믹스(단백체학)362 Exploris 480 설치후 테스트 (1) Exploris480의 성능 테스트는 짧은 시간에 끝난것 같습니다. Orbitrap Eclipse에서 여러가지 application에 대한 테스트를 하였기 때문 입니다. 일단 FAIMS를 장착하지 않은 상태에서 가장 기본적인 DDA 실험결과입니다. 특별히 조절할 파라미터는 없으면 MS2 resolution에 따라 검출수의 변화를 보았습니다. 아래와 같이 3가지의 MS2 resolution에서 1.5K에서 가장 많이 검출됩니다. 즉 기본적인 DDA 분석에서는 MS2 resolution을 1.5K 설정하면 될것같습니다. 물론 양이 아주 적거나 많은 경우 파마미터가 달라져야 겠지요. 하지만 양이 매우 적을 경우 Orbitrap Eclipse의 ion trap으로 분석하면 됩니다. 2023. 5. 29. 기본 PTM 검색을 위한 SEQUEST+CHIMERYS 검색 CHIMERYS를 이용한 검색시 단백질 및 펩타이드의 수를 상당히 증가시킬수 있습니다. CHIMERYS 검색엔진 테스트 (100ng HeLa std, Eclipse) (tistory.com) Proteome Discoverer 3.0에 CHIMERYS 설치 완료 (tistory.com) CHIMERYS in Proteome Discoverer 3.0 (tistory.com) 하지만 단점은 기본적인 PTM(Oxidation & Carbamidomethylation)와 TMT 외에서는 설정이 되지 않습니다. US HUPO때 커피마시다가 옆에 있던 MSAID사의 CEO인 Martin과 잠시 이야기를 했습니다. 본인도 이 부분이 개선될점이라고 합니다. 사실 한개의 프로그램이 모든것은 다 잘할수 없겠지요. 만약 .. 2023. 5. 14. Two-Peptide vs Singe-Peptide rules 단백질을 검출하다보면 많은 수의 단백질이 한개의 펩타이드로 검출된 경우가 많습니다. 단순히 리스트로 보여줄때는 상관없지만 다음단계를 위해 단백질을 선정해야 할 경우에는 신중히 선택을 해야 합니다. 특히 low resolution MS/MS로 실험한 경우 한개의 펩타이드로 검출된 단백질은 더 신중히 선택해야 합니다. 검출되어야 하는 단백질이중에 이러한 단백질이 존재한다면 추가적인 검증이 필요합니다. 아무튼 한개의 펩타이드로 검출된 단백질이 진짜인지 가짜인지 확인하기 위해서는 MS/MS 스펙트럼을 반드시 확인하고 수작업으로 재확인을 합니다. 아래 스펙트럽의 경우 여러개의 y and b ion이 검출이 되었지만 background 피크들과 구분이 어렵습니다.Low resolution MS/MS이기 때문에 정확.. 2023. 4. 24. Exploris 480 + Vanquish Neo 또 다른 활용 탁구클럽에서 공막이로 아주 유용합니다. 억단위 장비에서 나온 박스인만큼 아주 튼튼합니다. 2023. 4. 24. Exploris 480 + Vanquish Neo 설치 몇개월전에 도착한 장비 박스를 이번주에 뜯어서 설치하고 있습니다. 두개의 Oil pumps와 noise 를 차단하는 박스까지 와서 그런지 이전의 Eclipse 때보다 박스숫자가 더 많습니다. 종종 있는 일이지만 몇개의 부품이 잘못와서 급하고 다시 주문하느라 설치가 지연되었습니다. 설치가 완료되면 이제 두 대의 장비로 더 다양한 실험을 할수 있을 것입니다. 2023. 4. 22. Histone PTM 분석을 위한 최적화 과정 2 DIA를 이용한 Histone PTM 분석 절차중에서 LC-MS/MS 부분은 상대적으로 어렵지 않습니다. 오히려 선택적인 Histone 추출, 4 번의 Propionylation 그리고 분석후 데이타베이스 검색과정이 매우 까다롭습니다. Histone을 높은 순도로 추출하게 되면 시료안의 단백질의 숫자는 상대적으로 매우 적기 때문에 특별한 DIA 방법이 필요가 없습니다. 기존의 논문에서 OTIT 방법으로도 분석을 하였습니다. Orbitrap Eclipse와 Vanquish Neo 시스템에서 60min LC gradient를 이용하여 몇가지 isolation window 값으로 테스트를 해보았습니다. 실제 DIA 분석은 EpiProfile을 사용할 예정이지만 간단히 Peak Intensity와 Data po.. 2023. 4. 16. 이전 1 ··· 7 8 9 10 11 12 13 ··· 61 다음
