프로테오믹스(단백체학)362 Self-packing vs Commerical nano Columns 저렴하게 직접 Packing을 해서 사용하느냐 아니면 고가이지만 마음 편하게 상용컬럼을 사용할것인가 고민되는 분들이 계시리라 생각합니다. 예산만 충분하다면 구매를 해서 사용하는 것이 제일 편하겠지요 하지만 nano-column의 경우 고가의 컬럼을 구매하더라도 운이 좋지 않으면 금방 막혀서 버려야 할 때가 종종 있습니다. 직접 만든 컬럼이나 구매해서 사용하는 컬럼 모두 막혀서 못쓰게 되는 경우수는 비슷할 듯 합니다. 이때 직접 만든 컬럼은 마음편하게 얼마든지 교체해서 사용할 수 있지만 고가의 컬럼의 경우 이러한 일이 생기면 속이 쓰립니다. 또한 어떤 때는 직접 만든 컬럼이 고가의 컬럼만큼 좋은 분리능을 보일때도 있습니다. 이럴 때는 굳이 고가의 컬럼을 사용할 필요성을 못 느끼기도 합니다. 하지만 직접 만.. 2023. 2. 24. Thermo사의 uPAC Gen2 컬럼 과 IonOpticks사의 Aurora컬럼 구매 학회에 가서 발표하는 사람들의 결과를 보면 좋은 컬럼을 사용하는 경우가 많습니다. 직접 컬럼을 충진해서 사용하는 사람들은 예산만 충분하다면 이러한 상용화된 컬럼을 사용하고 싶을것 같습니다. 최근에 두개의 컬럼을 구매하여서 테스트를 해 볼 예정입니다. Thermo Fisher사의 uPAC 컬럼은 아직 공식적으로 판매는 되지 않습니다. Thermo사의 최신 질량분석기를 구매시 제한적으로 판매되고 있습니다. 제조회사가 Thermo로 합병되면서 컬럼에 붙어 있는 tubing이 Viper tubing형태로 바뀌었습니다. 그리고 Emitter를 연결하면 EasySpray Source에서 사용하고 있습니다. 이전 버젼의 컬럼에서는 셋팅하는데 어려움이 있었습니다. Pharmafluidics 사의 µPACᵀᴹ 컬럼 사용.. 2023. 2. 6. INFERYS node 사용시 주의점(Proteome Discoverer) Proteome Discoverer 2.5 버젼부터 INFERYS mode가 추가하여 단백질 및 펩타이드의 수를 상당히 증가 시킬수 있습니다. 동일한 LC-MS/MS 결과에서 검색시 INFERYS를 추가하는것만으로 상당한 혜택이 있습니다. INFERYS를 이용한 Spectra-library 생성과 MSPep search (tistory.com) 하지만 INFERYS는 검색시 몇가지 조건이 있습니다. 펩타이드의 길이가 30개까지만 제한이 있으며 PTM의 수도 제한적입니다. 만약 제한된 수보다 많은 검색 옵션을 첨가하면 아래와 같이 오류 메세지가 나오게 됩니다. 일반적인 단백질/펩타이드 검출시는 이것이 큰 문제가 되지 않습니다. 긴 펩타이 드의 검출의 기회를 놓치더라도 다른 펩타이드의 검출 가능성이 더 높기.. 2023. 1. 26. Proteome Discoverer에서 검색결과 Layout 설정 Proteome Discoverer 검색후 얻어진 결과에 대해 원하는 형식대로 보여지게 할 수 있습니다. 얻어진 결과를 다른 사람들과 결과를 공유할때나 추가적인 분석을 위해서 엑셀파일로 저장합니다. 하지만 화면에 보여지는 모든 결과를 모두 저장할 필요가 없을때도 있습니다. 보통 Collaborator들은 모든 컬럼값에 대해 잘 모르기때문에 굳이 첨가하지 않습니다. 그렇지 않으면 불필요한 질문과 답변을 해야 됩니다. 또한 Bioinformatician과 일을 할때 그들이 필요한 컬럼만 전달해주면 됩니다. 엑셀로 저장후 필요없는 컬럼을 지울수 도 있지만 Layout를 만들어 놓으면 원하는 형태로 불러올수 있습니다. 아래는 default값으로 보여지는 화면입니다. 아래 표시를 클릭해서 원하는 결과만을 선택합니.. 2023. 1. 22. FAIMS 의 Gas-Phase Fraction으로 10,000개 단백질 검출 (Mouse Brain, Vanquish Neo+ Orbitrap Eclipse) 앞에서 FAIMS의 GPF에 대한 예로 Mouse Brain Tissue에 대한 결과입니다. FAIMS만으로 펩타이드 분획하기 (tistory.com) FAIMS만으로 펩타이드 분획하기 FAIMS를 장착한후에는 기존에 사용하던 Spin-column high-pH fractionation를 잘 사용하지 않게 되었습니다. FAIMS의 Gas-Phase Fractionation으로도 효과있는 분획이 되기 때문입니다. 물론 HPLC장비를 이용한 분획 proteomicstechnology.tistory.com 이 방법으로 약 10,000개 단백질을 검출할 수 있었습니다. 아래는 Workflow입니다. GPF와 120min OTOT DDA로 10,027개의 단백질이 검출이 되었습니다. 사용된 장비는 Vanquish.. 2023. 1. 8. FAIMS만으로 펩타이드 분획하기 FAIMS를 장착한후에는 기존에 사용하던 Spin-column high-pH fractionation를 잘 사용하지 않게 되었습니다. FAIMS의 Gas-Phase Fractionation으로도 효과있는 분획이 되기 때문입니다. 물론 HPLC장비를 이용한 분획에 비해서는 검출수가 떨어지겠지만 spin-column을 이용한 분획과 비교하면 큰 손색이 없습니다. Spin-column을 이용한 분획도 아주 쉽고 간단하지만 여전히 물리적인 분획과 시료 농축단계가 필요합니다. 하지만 FAIMS 의 GPF는 그냥 Vial에 시료를 넣고 서로 다른 CV 값에서만 분석하면 됩니다. hpRP DDV vs Gas-Phase Fractionation DDA for Extension Library Run (Spectronau.. 2023. 1. 7. 이전 1 ··· 9 10 11 12 13 14 15 ··· 61 다음
