Proteomics (프로테오믹스, 단백체학)
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질량분석을 하기 전에 왜 단백질을 펩타이드로 자를까? 프로테오믹스를 처음 접하면 한 가지 의문이 생길 수 있습니다.“단백질을 분석하려는 것인데, 왜 굳이 단백질을 잘게 잘라 더 많은 펩타이드로 만든 다음 분석할까?” Western blot을 비롯한 많은 생물학 실험은 단백질 수준에서 진행됩니다. 따라서 단백질을 먼저 펩타이드로 절단하는 과정이 오히려 불필요하게 복잡해 보일 수 있습니다. 질량분석기 기반 프로테오믹스에는 크게 두 가지 분석 방법이 있습니다. 단백질을 효소로 절단하여 펩타이드 상태로 분석하는 방법을 bottom-up proteomics라고 하며, 단백질을 절단하지 않고 온전한 상태로 분석하는 방법을 top-down proteomics라고 합니다. 현재 복잡한 생물학적 시료를 폭넓게 분석할 때는 bottom-up proteomics가 가장 일반.. 2026. 9. 7.
프로테오믹스 분석 플랫폼 구축 및 최적화 질량분석기 기반 프로테오믹스 분석 플랫폼을 구축하기 위해서는 여러 핵심 단계가 안정적으로 정립되어야 합니다. 대표적으로 시료 전처리 최적화, LC 분리 조건 최적화, 질량분석기 조건 최적화, 데이터베이스 검색 및 결과 검증 최적화가 포함됩니다. 이 단계들은 각각 독립적으로 보이지만 실제 분석 과정에서는 서로 밀접하게 연결되어 있습니다. 예를 들어 시료 전처리 과정에서의 단백질 추출 효율이나 펩타이드 정제 상태는 LC 분리와 질량분석 감도에 직접적인 영향을 미치며, 질량분석 조건은 이후 데이터베이스 검색 결과와 정량 신뢰도에 영향을 줍니다. 따라서 각 단계를 개별적으로 최적화하는 동시에, 전체 워크플로우가 실험 목적에 맞게 균형 있게 작동하도록 조정하는 것이 중요합니다. 본 자문은 연구팀이 보유한 장비, .. 2026. 9. 2.
자문의 목적 본 자문은 질량분석기를 활용한 프로테오믹스 연구를 시작하거나, 현재 보유한 장비와 리소스를 더 효과적으로 활용하고자 하는 연구팀을 돕기 위한 것입니다. 특히 이미 안정적인 분석 플랫폼을 갖춘 그룹보다는, 초기 플랫폼 구축이 필요하거나 기존 분석법의 최적화 여부를 확인하고 싶은 그룹을 주요 대상으로 합니다. 프로테오믹스 분석에 대한 논문, 매뉴얼, 인터넷 자료는 많이 존재하지만, 실제 연구 현장에 그대로 적용하기는 쉽지 않습니다. 각 연구팀마다 보유한 질량분석기, LC 시스템, 컬럼, 시료 준비 장비, 분석 소프트웨어, 인력, 예산, 시료 특성이 다르기 때문입니다. 따라서 공개된 방법을 참고하더라도, 각 실험실의 상황에 맞게 조정하고 최적화하는 과정이 필요합니다. 프로테오믹스 분석은 시료 전처리, 시료 정.. 2026. 9. 2.
프로테오믹스 자문 소개 혹시 질량분석기를 이용한 프로테오믹스 연구를 시작하려고 하시거나, 현재 보유한 장비를 더 효과적으로 활용하고 싶으신가요?프로테오믹스 분석은 질량분석기만 있다고 바로 안정적으로 진행되는 것은 아닙니다. 시료 전처리, 펩타이드 정제, LC 분리 조건, 질량분석기 설정, 데이터베이스 검색, 결과 검증 과정이 서로 잘 연결되어야 신뢰할 수 있는 결과를 얻을 수 있습니다.특히 처음 플랫폼을 구축하는 단계에서는 어떤 조건부터 시작해야 할지, 현재 사용 중인 방법이 적절히 최적화되어 있는지, 보유한 장비와 예산 안에서 어떤 전략이 가장 현실적인지 판단하기 어려울 수 있습니다.아래와 같은 상황에 해당된다면 자문이 도움이 될 수 있습니다.초기 단계에서 전반적인 질량분석기 기반 프로테오믹스 플랫폼 구축이 필요한 경우질량분.. 2026. 9. 2.
컬럼 길이: 긴 컬럼은 항상 좋은가? LC-MS 분석에서 컬럼의 길이는 peptide separation에 영향을 주는 중요한 요소입니다. 실제로 이전 논문들을 보면 50 cm를 넘어 1 m 정도의 매우 긴 nanoLC column을 사용한 경우도 있습니다. 컬럼이 길어지면 peptide가 stationary phase와 상호작용할 수 있는 거리가 증가하기 때문에, 적절한 조건에서는 peak capacity와 분리능을 향상시킬 수 있습니다. 그렇다면 컬럼은 길수록 좋은 것일까요? 반드시 그렇지는 않습니다.여기서 한 가지 구분할 점이 있습니다. 긴 컬럼 자체가 이론적으로 separation efficiency를 떨어뜨리는 것은 아닙니다. 오히려 충분한 압력과 적절한 gradient 조건을 사용하면 더 높은 분리 성능을 얻을 수 있습니다. 문제.. 2026. 8. 31.
쓸모를 증명하지 않는 삶에 관하여 -스벤 브링크만 얼마 전에 방영된 드라마 중에 **「모두가 자신의 무가치함과 싸우고 있다」**라는 제목을 잠시 본 적이 있습니다. 드라마 제목치고는 꽤 철학적이라는 생각이 들었습니다. 가만히 생각해보면 우리 모두 어느 정도는 이 말과 연결되어 있는 것 같습니다. 사람들은 자신이 속한 사회 안에서 인정받기 위해 열심히 노력합니다. 자신이 쓸모 있는 사람이라는 느낌, 누군가에게 필요한 사람이라는 느낌은 삶에서 꽤 중요한 부분인 것 같습니다.LinkedIn을 보면 그런 생각이 더 많이 듭니다. 새로운 논문이 나왔다는 글, 학회에서 발표했다는 글, 유명한 사람을 만났다는 글, 새로운 자리로 옮겼다는 글들이 많이 올라옵니다. 물론 모두 축하받을 일입니다. 성과를 이루며 사는 것은 우리를 더 열심히 살게 하는 원동력이 되기도 합니.. 2026. 8. 30.

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