전체 글540 Single-Cell Proteomics (ASMS) 이번 ASMS때 Single-cell Proteomics(SPC)에 관한 포스터가 상당히 많이 전시되었습니다. 업체뿐만 아니라 많은 연구실의 결과들 입니다. SPC 실험을 준비하는 입장에서 여러가지 기술적인 부분에 관심이 있었습니다. 시료 전처리의 경우 cellenONE® 장비를 쓰는 경우가 많지만 또한 자체적으로 개발한 시료전처리 방법도 많이 전시되었습니다. 자체적으로 개발한 방법은 일반 실험실에서 사용하기에는 적절한것 같지 않아서 주의깊게 보지 않았습니다. 질량분석기쪽의 최적화를 위한 실험은 대부분은 HeLa standard를 dilution해서 사용하였습니다. IonOpticks사의 Aurora컬럼으로 좋은 결과들이 많이 나왔습니다. 이번에 알게 된것은 시료전처리나 시료를 녹일때 .. 2024. 6. 13. 2024 ASMS (Anaheim, CA) 이번 ASMS는 최근 몇년의 참석에 비해서 좋은 정보를 많이 얻을수 있었습니다. 아는만큼 보인다는 말이 실감납니다. 최근에 Single-cell Proteomics와 Top-down proteomics 플랫폼을 만들고 있어서 그런지 관련 내용에 대한 자세한 정보를 더 많이 얻을수 있었습니다. 특히 Single cell proteomics에서는 대부분TimsTOF 과 Astral 장비가 사용되었습니다. 시료전처리부분만 어느정도 해결되면 이제는 분석에는 큰 문제가 없어 보입니다. 이번에 Brucker와 Thermo 장비 판매팀과 미팅이 있었습니다. 서로 자신들의 장비에 대한 자부심이 대단했습니다. 어느 장비를 사용해도 상관없을 만큼 두 장비의 성능이 아주 좋은것 같습니다. 기회가 된다면 두 장비중 하나.. 2024. 6. 11. Three oocytes of C.elegans (~2700 proteins) 최근에 아주 재미있는 실험을 하고 있습니다. 3 개의 C.elegans oocytes 시료 분석입니다. Single oocyte는 아니고 3개의 oocyte를 합친 시료입니다. 이전에 1ngHeLa standard로 약 4000개의 단백질을 검출할 수 있습니다.이전글https://proteomicstechnology.tistory.com/576 1ngHeLa with 50 umID column-4800 proteins (DIA)앞에 글에서 50µm ID 컬럼의 성능을 비교하는 내용이 있습니다. 50 µm vs 75 µm ID 컬럼 50 µm vs 75 µm ID 컬럼 최근 2년동안 일반적인 실험법은 대부분 최적화를 했습니다. 물론 조금더 향상을 시킬수proteomicstechnology.tistor.. 2024. 5. 25. TMT MS3-RTS, Close-out Option TMT MS3-RTS(Real Time Search)에는 Close-out 옵션이 있습니다. 분석중에 데이타베이스검색이 이루어지는 RTS에서 한개의 단백질당 검출하고자 하는 펩타이드의 수를 제한 할수 있습니다. 이 기능을 이용하면 농도가 높은 단백질에 해당하는 많은 펩타이드의 검출을 제한하는 대신 농도가 낮은 단백질의 펩타이드의 검출 가능성을 높일수 있습니다. 보통 단백질 정량분석에 있어서 펩타이드수가 많을 수록 좋습니다. 하지만 일정 수 이상이 되면 그 효과는 별로 없습니다. 하지만 많은 양으로 존재하는 단백질의 펩타이드를 분석하는 동안 양이 적은 단백질을 검출할수 있는 기회를 놓치게 됩니다. 이러한 이유로 Close-out은 MS3를 수행하는 펩타이드의 수를 제한 할수있습니다. 몇 개의 펩타이드 .. 2024. 5. 19. Compound Effect (Darren Hardy), 완벽한 공부법 (고영성, 신영준 ) 최근에 읽은 두권의 책...Compound Effect는 삶에 좋은 동기부여가 되는 내용들이 많이 있습니다. 재미있는 사실은 관련 책들끼리 서로 인용을 많이 하는것 같습니다. 다른 글에서 읽은 내용이 이 책에도 있고 다른 책에 있었던 내용에 대한 원들이 이 책에 있었습니다. 암튼 자신의 삶에 동기부여를 하면서 꾸준히 성장을 원하는 타입의 사람에게는 참 좋은 책인것 같습니다. 완벽한 공부법은 두 명의 한국인이 적은 책입니다. 인터넷에서 많이 활동하시는 분입니다 . 이 분야에 학위가 있는것 아닌데 인지과학, 행동심리학, 뇌과학에 상당한 지식이 많은것 같습니다. 외국의 많은 책들과 유사한 내용들이 많이 들어 있습니다 . 물론 배우고 실천해야 할 좋은 내용도 많이있습니다. 저자가 한국인이라서 그런지 .. 2024. 5. 19. Proton Transfer Charge Reduction (PTCR): Top-Down 저희 Orbitrap Eclipse장비에 PTCR 옵션이 있습니다. 제가 들어오기전 연구소에서 장비를 구매했는데 아마 판매하는 사람이 그냥 있으면 좋다고 해서 옵션으로 넣었던것 같습니다. 2년동안 사용하고 있지 않다가 최근에 Top-down 분석법을 만들고 있는터라 한번 해보았습니다. 관련 논문이나 자료에서는 충분한 정보를 얻지 못했습니다. 몇개의 논문이 있긴 한데 논문의 내용으로는 Method를 정확히 만들수 없었습니다. 대부분의 내용은 Infusion으로 분석한 결과들이 대부분입니다 업체 담당자와 미팅을 하고 조언을 받았지만 결국 그 사람도 잘 알지 못하였습니다. 다시 조금더 경험이 많은 분들과 미팅을 하면서 자세한 조언을 얻을수 있었습니다. 제약사가 아닌 일반 bottom-up proteo.. 2024. 5. 9. 이전 1 2 3 4 5 6 7 ··· 90 다음
