전체 글519 Low Load µPAC Neo Column, 3,300 proteins with 1ngHeLa DIA Sing-cell Proteomics가 많이 발전하고 있는것 같습니다. 개인적으로는 아직까지 시도해볼 생각은 없습니다. 하지만 극소량의 시료를 분석할수 있는 플랫폼을 만들 필요는 있는것 같습니다. 최근에 µPAC Neo 컬럼 시리즈중에 Low loading uPAC Neo컬럼을 구매해서 테스트를 해보았습니다.. 연구소에도 소량의 단백질 분석에 대한 문의가 몇번 있었습니다. 개인적생각으로는 극미량을 분석할수있는 LC-MS/MS분석법을 개발하는것보다는 시료의 양을 많이 확보할수 있는 방법을 찾는것이 더 나은 방법인것 같습니다. 이것은 질량분석기가 없이 실험실 벤치에서도 충분히 할수 있는 작업입니다. 하지만 시료의 양을 증가시킬수 없을 경우를 대비해서 플랫폼이 필요할듯합니다. 아무튼 이번에도 1ngHeLa s.. 2023. 9. 14. 질문이 답을 바꾼다-앤드루 소벨, 제럴드 피나스 재미있게 읽은 책입니다. 영어 제목은 Power Question입니다. 제목을 보고서는 단순히 인관관계를 위한 처세술에 관한 내용이라고 생각했습니다. 하지만 저자는 비스니스 관계 형성에 관한 탁월한 전략가입니다. 책의 내용도 비지니스에서의 상화 관계에 관한 내용입니다. 단순히 대화를 자연스럽게 이어가기 위한 질문이 아닙니다. 서로에게 신뢰를 쌓고 상호간에 목적하는 바를 긍정적으로 이루기 위합니다. 탁월한 질문을 통해 생각의 전환이 일어날수 있습니다. 탁월한 질문이 얼마나 힘이 있는지 여러가지 실제 사례를 보여줍니다. 사실 우리는 질문을 할려고 하기 보다는 자신의 의견을 피력하는데 더 에너지를 쏟아냅니다. 자신의 의견을 관철시키기 위해서 노력합니다. 하지만 탁월한 질문을 통해 상대방이 미쳐 깨닫지 못했던것.. 2023. 9. 7. Single band에서 1,700 단백질 검출(Eclipse+FAIMS) Pull-down후 SDS-PAGE로 분리한후 특정 단백질의 검출여부를 확인하고자 분석하였습니다. 타겟 단백질의 위치에 해당하는 band를 절단하여 분석하였습니다. 당연히 해당 단백질이 아주 잘 검출될것이라고 예상했습니다. 하지만, 30 min LC gradient로 무려 1,700개의 단백질이 검출이 되었습니다. 물론 해당 단백질도 검출이 되었지만 아주 상위에 속하지는 않았습니다. 시료를 탓해야 될지 Eclipse+FAIMS의 높은 감도를 탓해야 될지 모르겠네요. 2023. 8. 25. 컬럼 Tip의 가벼운 Bubble 없애기 이미 시료가 주입이 되었는데 카메라로 컬럼 끝에서 침을 뱉듯이 버블이 보일때 아주 난감합니다. 분석중에서 Voltage를 올릴수 없기 때문에 이것을 해결하기가 어렵습니다. 만약 컬럼 Tip이 Ion transfer tube(ITT)에서 멀리 떨어져 있다면 ITT쪽으로 옮기면 해결이 되는 경우가 종종 있습니다. Ion transfer tube쪽으로 갈수 전극의 힘이 커지며 또한 진공으로 인해 빨아들여지는 힘이 더 커집니다. 이로 인해 가벼운 Bubble의 경우 일시적으로 해결할수 있습니다. 해당 분석이 끝나면 다시 voltage를 올리든지 아니면 다른 해결책을 찾은후 재분석하면 됩니다. 이상 허접한 팁이 었습니다. 2023. 8. 22. Orbitrap Eclipse와 Exploris480 활용 (with FAIMS) Orbitrap Eclipse 와 Exploris480 장비를 보유하고 있습니다. 이 두 장비로 대부분의 프로테오믹스 연구를 지원하고 있습니다. 두 대의 장비가 공통적으로 가지고 있는 기능이 있지만 Eclipse에서만 가능한 기능들이 있습니다. 다양한 실험을 두 대의 장비를 혼용하여 사용할수 있지만 그래도 뭔가 규칙이 필요하게 되었습니다. 이것은 연구원들이 새로운 실험을 진행하기전 장비를 선택할때 도움을 줄수 있습니다. 두대의 장비를 사용하면서 배운것은 FAIMS는 Eclipse의 OTIT mode에서 가능 높은 감도를 가집니다. Exploris480은 FAIMS가 굳이 필요없는 실험에 주로 사용합니다. 그래서 아래와 같이 대략의 가이드라인을 정했습니다. Orbitrap Eclipse OTIT+FAIMS.. 2023. 8. 19. Phoenix S&T column heater (EasySpray Source) 이전에 40cm 컬럼용으로 제작된 Column heater를 사용했습니다. 당시에는 Empty Self-packing 컬럼을 사용하여 3µm C18을 직접 충전을 했습니다. 더 작은 사이즈의 C18을 충전할려고 했지만 packing과정에서 어려움이 많았습니다. 그래서 3µm를 이용하여 긴 컬럼길이를 사용하였습니다. . Phoenix S&T 사의 EasySpray source 용 In-house column heater (tistory.com) 어느시점부터 아예 충전된 컬럼을 구매하여 사용하기로 결정을 했습니다. 몇번 소개했던 CoAnn Technology사의 컬럼입니다 Self-packing vs Commerical nano Columns (tistory.com). CoAnn Technology Self.. 2023. 8. 19. 이전 1 ··· 4 5 6 7 8 9 10 ··· 87 다음
