Proteomics (프로테오믹스, 단백체학)
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혼자가 편한 사람들의 관계심리학, 데보라 잭 지음 우리 사회는 외향적인 사람이 칭송을 받습니다. 사람들과의 대화를 잘 주도하고 모든일을 앞서서 잘 하는사람을 좋아합니다. 예전에는 저는 외향적이라고 생각했습니다. 그것은 사람들 만나는것을 좋아하거나 대화를 잘해서가 아닙니다. 혼자 있는것이 어색했기 때문일것이라 생각합니다. 사실 쓸데 없는 농담도 많이 했습니다. 하지만 지금은 오히려 혼자 있는 시간에 더 많은 에너지를 얻습니다. 그렇다고 이 책에서 설명하는 내향적인 사람들이 가지고 있는 특성을 그다지 많이 가지고 있는것 같지는 않습니다. 아마 자라오면서 나의 삶에 형태에 최적화된 삶을 패턴을 가지게 된것 같습니다. 농담을 많이 했던것도 아마 속마음을 이야기하는것이 어려워서 그렇게 했겠지요. 혼자 있는 시간이 그다지 즐겁지 않았던 이유도 나를 돌아보는것이 어.. 2023. 12. 31.
C.elegans and Mouse Brain Phosphopeptides (over 26,000 phosphopeptides) 크리스마스 전부터 여기는 이미 장기간 연휴에 돌입했습니다. 연구원들에게도 크리스마스전부터 연말까지는 될수 있으면 실험은 하지말고 밀린 자료들등을 정리하는 시간을 갖자고 했습니다.. 하지만 장비가 노는 꼴을 잘 못보는 타입이라 긴 여유동안 Phosphopeptide 분석을 했습니다. 내년에 Global Phosphproteome Quantitation 분석을 제공할 예정입니다. Mouse Brain과 C.elegans에서 Phopshopeptide를 Enrichment한뒤 FAIMS의 서로 다른 CV값에서 DDA로 분석하였습니다. 30V에서 80CV까지 11개의 서로 다른 값으로 분석하였습니다. 그리고 남는 시료는 FAIMS로 DIA를 분석하였습니다. DDA의 경우 최근에 설치한 Proteome Disco.. 2023. 12. 29.
Real Happiness at Work (Sharon Salzberg) 도서관 구석 중고서적 판매대에서 책 제목을 보고 보고 3불에 바로 샀다. 무슨 이런 비현실적인 제목이 있을까? 회사에서 일하는것이 즐거울수 있을까? 아마 대부분 사람들은 그렇지 않을것이라고 말할것이다. 물론 자신의 일이 재미있어서 하는 사람도 많다. 하지만 월급을 받고 일하는 사람들의 대부분은 그렇지 못할것이다. 얼마전에 회사에서 오랫경험을 가진 분은 쓴 책을 읽은적이있다. 경험에서 우려나온 글이라 공감이 갔다. 그중에 기억남은것은 상사가 불의한 일을 시켜도 일단은 꾹 참고 열심히 하라는것이다. 당연한 말이다. 잘못하다가 짤리면 다른 회사로 이직하기도 어렵다. 하지만 미국인들이 적은 책들의 내용을 보면 대처방한이 사뭇다르다. HR에서 보고를 해야 한다던지 아니면 이직을 고려해야 한다고 한다. 아마 미국사.. 2023. 12. 23.
체스터필드 최고의 인생 어른의 성숙함을 가진 분들을 보면 참 멋지다는 생각을 합니다. 그분들의 대화나 행동속에서 자연스러운 성숙함을 볼 수 있습니다. 아마 성장하면서 자연스럽게 배운 행동들이 저절도 우러나오는것이 겠지요. 나이가 든다고 자연스럽게 성숙되는것 아님을 압니다. 사실 아주 어른스러운 동년배를 보면 부담스럽기 조차 합니다. 가벼운 내가 같이 대화하기에는 어딘가 불편함이 있습니다. 필리 채스필드 경이 적은 최고의 인생은 어른들이 가져야할 덕목을 잘 가르쳐주고 있습니다. 물론18세기 시대가 반영된것이지만 지금의 어른들도 꼭 알아야 할 내용들입니다. 물론 책의 내용은 우리가 익히 배운 내용입니다. 하지만 내가 그렇게 살고 있는가라는 질문을 하게 됩니다. 삶의 중요한것들이 있는것을 아는것과 내가 그렇게 사는것은 다릅니다. 내.. 2023. 11. 23.
Intact Protein PRM Analysis (Top-down) 이미 알고 있는 단백질을 분석할 경우 좋은 MS2 스펙트럼을 얻기 위해서 PRM을 수행할수 있습니다. 정제된 단백질의 경우 PRM 통해 재확인이 가능합니다. 이렇게 얻은 좋은 MS2 스펙트럼으로 검색이 가능하다면 단백질 검증에 도움이 될수 있습니다. Pierce Intact Protein standard 에서 약 21kDa의 Protein G를 선택적을 분석해보았습니다. 아래는 Protein G의 MS1 Spectrum입니다. Peak들중에서 m/z 975.6356 (z=22)을 선택하여 PRM을 수행합니다. PRM 셋팅은 Bottom-up방법과 동일합니다. 아래는 BPC와 XIC에 해당하는 크로마토그램입니다. 아래와 같이 PRM을 통해서 좋은 MS2 스펙트럼을 얻었습니다. Proteome Discove.. 2023. 11. 13.
Top-down으로 분자량이 적은 단백질 분석하기, Ubiquitin(~8.5kDa) 분자량이 아주 작은 단백질의 경우 Top-down 방식으로 분석이 아주 잘되는것 같습니다. 8kDa 조금 넘은 Ubiquitin의 경우 앞의 글에서 적은 방식으로 분석했을때 아주 높은 Sequence Coverage로 검출이 됩니다. Ubiquitin from bovine erythrocytes BioUltra (sigmaaldrich.com) 아래는 Obitrap Eclipse의 intact protein mode에서 EThCD로 분석한 결과입니다. Top-down 용 EasySpray column(ES907)을 이용시 약 20ng의 Uqiuitin이 사용되었습니다. PD3.1과 ProSight4.3으로 검색후 얻어진 Sequence Coverge map입니다. EThcD로 얻어진 MS2 matchin.. 2023. 11. 12.