앞에 글에서 50µm ID 컬럼의 성능을 비교하는 내용이 있습니다.
50 µm vs 75 µm ID 컬럼
최근 2년동안 일반적인 실험법은 대부분 최적화를 했습니다. 물론 조금더 향상을 시킬수 있지만 노력에 비해서 얻는것이 적을듯 합니다. 아마 새로운 장비를 구매하는 않는한 이제는 특별히 최
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내경이 작은 컬럼은 시료가 극미량일때 유용하지 않을까 생각합니다. 그래서 이번에는 1ng HeLa 시료를 이용하여 비교해보았습니다.
이전글에 low-load µPAC column을 이용하여 1ng Hela에서 좋은 결과를 얻은 글이 있습니다.
Low Load µPAC Neo Column, 3,300 proteins with 1ngHeLa DIA
Low Load µPAC Neo Column, 3,300 proteins with 1ngHeLa DIA
Sing-cell Proteomics가 많이 발전하고 있는것 같습니다. 개인적으로는 아직까지 시도해볼 생각은 없습니다. 하지만 극소량의 시료를 분석할수 있는 플랫폼을 만들 필요는 있는것 같습니다. 최근에 µ
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이번 실험에 사용한 시스템입니다.
- Samples: 1ng HeLa
- Instrument: Orbitrap Eclipse-FAIMS/Vanquish Neo
- Column: 50µm ID x 20 cm, 1.7 µm C18( CoAnn Technology)
- LC Gradinet: 120min
- Acquisition mode: DIA (FAIMS, Single CV, -45V)
- Database search: Spectronaut18
놀랍게도 1ng Hela에서 거의 5,000개의 단백질이 검출이 되었습니다. 75 µm ID 컬럼에서도 좋은 결과가 나왔습니다.
극미량의 시료의 경우 컬럼 내경이 작은것은 효과가 있다는것을 확인했습니다.
4번 연속주입에도 재현성 있게 나온것 같습니다.
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