TMT MS3-RTS, Close-out Option

TMT MS3-RTS(Real Time Search)에는 Close-out 옵션이 있습니다.  분석중에 데이타베이스검색이 이루어지는 RTS에서 한개의 단백질당 검출하고자 하는 펩타이드의 수를 제한 할수 있습니다. 이 기능을 이용하면 농도가 높은 단백질에 해당하는 많은 펩타이드의 검출을 제한하는 대신 농도가 낮은 단백질의 펩타이드의 검출 가능성을 높일수 있습니다.

 

보통 단백질 정량분석에 있어서 펩타이드수가 많을 수록 좋습니다. 하지만 일정 수 이상이 되면 그 효과는 별로 없습니다. 하지만 많은 양으로 존재하는 단백질의 펩타이드를 분석하는 동안 양이 적은 단백질을 검출할수 있는 기회를 놓치게 됩니다.

 

이러한 이유로 Close-out은 MS3를 수행하는 펩타이드의 수를 제한 할수있습니다.  몇 개의 펩타이드 수가 가장 최적인지는 모르겠습니다. 하지만 일단 5개로 제한하고 비교를 해보았습니다.  또한 Perform Dependent Scan On Single Charge State per precursor only로 함께 테스트를 해보았습니다.

 

 

결과를 아래와 같습니다. 두 기능을 사용했을때 단백질 및 펩타이드의 수가 조금씩 더 증가 하였습니다.