Battle Human vs OT-2 Digestion

Opentros의 OT-2를 셋팅중에 있습니다.  자동화 장치에 대해서는 별로 좋은 기억이 없어서 큰 기대를 하고 있지는 않습니다. 사실 적은 수의 시료의 경우 사람의 손이 더 빠르고 정확할수 있습니다. 자동화장치는 셋팅하는것도 번거롭고 언제 에러가 생길지 알수 없습니다.

 

그래도 최근에서 기술력이 좋아져서 기대를 하고 있습니다.  연구소에 왔을때 사용하고 있지 않는 두 대의 OT-2중 한개를 받았습니다. Python 기반으로 프로그램을 만들어야 하는 번거로움때문에 사용하고  있지 않았습니다. 그리고 각 실험마다 자세한 프로그램 셋팅이 필요하기 때문에, 수작업에 익숙한 사람들에게는 그다지 매력적이지 않았습니다.

 

Opentrons OT-2

 

아무튼 차후 프로테오믹스 실험에 적용해보기 위해서 간단한 실험부터 시작했습니다. 현재 cell extraction 과 digestion은 Thermo 사의 EasyPep MS kit를 사용합니다. 수작업으로 하는데도 시간이 많이 걸리지 않습니다. 단순히 파이펫만 몇번 움직이면 됩니다.

 

 

동일한 cell extract를 6개로 나누어서 OT-2 와 manual로 각각 Digestion을 한후 한 사람이 clean-up을 하였습니다. 각각의 시료는 DIA와 Spectronaut 18로 분석하였습니다. 

 

 

크로마토그램은 큰 차이를 보이지 않습니다.

 

 

 

아래는 각각의 방법에서 얻어진 단백질과 펩타이드의 수입니다. 큰 차이를 보이지 않습니다. OT-2에서 아주 조금더 검출이 되었습니다.

 

 

 

Abundance를 보면 OT-2에서 조금 더 Variation이 있습니다. OT-2의 경우 첫 과정과정에서 시료를 픽업해서 새로운 Tube에 옮깁니다. 이때 조금씩 변수가 있지 않았을까 생각합니다. 만약 이 과정을 없애서 처음에 수작업으로 시료를 일정량 옮긴후 시작한다면 변수를 줄일수 있지 않을까 생각합니다.

 

 

 

아래는 DDA 로 분석후 Miss cleavage #를 비교한 그래프입니다. 둘다 거의 유사한 분포를 보입니다. 즉 Digestion과정에서는 큰 변수가 없는것 같습니다.

 

잠자고 있던 OT-2를 어느정도 잘 살린것 같습니다.  프로그램을 정확히 만들면 더 향상될듯합니다.  아무래도 로봇이다 보니 파이펫으로 시료를 옮기는데 시간이 꽤 걸립니다. 적은 수의 시료에는 그다지 효과적이지 않을듯 합니ㅏㄷ. 하지만 많은 수의 시료를 전처리 해야 한다면 자동화 장치가 도움이 될듯합니다. 또한 Phosphopeptide enrichment등 다양한 실험에도 적용해 볼 예정입니다.