전체 글540 S-Trap™ - ProtiFi 를 이용한 단백질 정제 효율성 검증 최근에 많은 사람들이 사용하고 있는 ProtiFi 사의 S-Trap 를 간단히 테스트해 보았다. 1) In-solution digestion과 비교를 통한 tryptic digestion efficiency와 sample loss 비교 2) 소량의 단일 단백질 (2 µg BSA)에 대한 tryptic digestion efficiency와 sample loss 검증 개인적으로 업체에서 제공하는 결과는 100%까지는 신뢰하지 않는다. 보통 좋은 결과가 나올수 있는 최적화된 조건에서 얻은 결과임으로 일반 실험실에서는 동일한 결과가 나오지 않는다. 또한 시료전처리 Kit의 경우 일반적으로 실험실에서 사용하는 방법에 비해 가격이 비싸고 적용할수있는 시료의 양에 제한이 많을때가 있다. 하지만 장점이라면 시약등을 .. 2020. 4. 18. 미라클 모닝-할 엘로드 자기계발이나 시간 관리에 관한 책에서 가장 많이 언급하는 부분 중에 하나가 아침 일찍 일어나야 한다는 것이다. 한때 "아침형 인간"이 유행했던 것이 기억난다. 이전의 자기계발서들은 목표를 세운후 열심히 할 것, 최선을 다해 달라고 강조하였던 것 같다. 소위 뻔한 내용, 그러나 실천하지 못하는 내용이 많았던 것 같다. 하지만 최근에는 융합학문이 발전함에 따라 심리학, 신경과학 및 뇌과학 등을 토대로 인지심리학이 많이 발전하는 것 같다. 인간이 결정하고 행동하게 되는 근원을 찾고 이해 및 해석하여 과학적으로 인간의 행동, 특히 습관을 바꾸는 책들이 많이 나오는 것 같다. 누구나 일찍 일어나서 하루를 생활하는 것은 좋은 것이라고 생각한다. 하지만 그렇게 행동하지 못한다. 이 책은 단순히 일찍 일어나서 시간을 .. 2020. 4. 17. Easy nLC and Dionex LC 의 Valve Stator의 Scratch 현상 확인하는 법 최근사이에 LC Valve stator가 손상되는 현상이 자주 발생했다. 이전 연구실에서는 Stator에 ferrule이 박혀서 교체하는 일은 있었지만 (이럴때도 해당 port만 안쓰면 상관없었다) Scratch로 인해 교체한 기억은 없는것 같다. 일반적으로 소모품인 rotor seal 교체로 Valve에서 leak는 해결되었었다. Valve Stator는 LC 소모품중에서는 상대적으로 고가($1K~1.5K)임으로 잦은 교체는 재정적인 부담이 있기 마련이다. nano UPLC 시스템에서는 작은 scatch (때로는 coating이 벗겨지기도 함)에도 상당한 leak를 발생함으로 반드시 교체해주어야 한다. 아래는 Easy nLC -1000 (6 port-valve) 와 Dionex UltiMate™ 300.. 2020. 4. 17. BSA를 이용한 Disulfide-linked Peptides 검출법 종종 Disulfide-linked Peptides 분석에 대한 의뢰가 들어옵니다.. 하지만 disulfide bond 펩타이드 profiling 분석은 일반 분석서비스로 진행하기가 아직은 어렵습니다. 기존의 Database program으로 자동검색이 거의 불가능합니다. 또한 ETD와 같은 특별한 Fragmentation 모드가 필요하지만 만 최적화하기도 쉽지 않습니다. 만약 이미 예상한 Disulfide-linked Peptides 가 있을 경우에는 이를 확인하는 차원에서는 가능합니다. 왜나하면 각각의 펩타이드의 m/z 값을 알고 있으면 수작업으로라도 확인할수 있기 때문입니다. 아무튼 차후 분석의 최적화를 위해서 간단히 테스트를 해보았습니다. 기존 논문의 BSA를 이용한 연구결과를 참고 하였습니다. .. 2020. 4. 17. 단일 In-gel 밴드에서 99% Sequence coverage 얻기 얼마전에 분석의뢰자의 단일 단백질(~MW 100kDa) 에 해당하는 In-Gel band로 부터 99.04% sequence coverage를 얻었다. 총 778 펩타드가 검출되었다. (modified forms 과 mis-cleavage form 포함) 최근에 분석한 gel-band 중에서 가장 높은 Sequence coverage가 나온것 같다. 아래그림은 Base-peak chromatogram (왼쪽)과 Proteome discoverer(오른쪽, 약간 흐리게 처리) 에서 검색된 화면이다 잘 정제된 단백질과 충분한 양의 시료가 있으면 거의 100%에 가까운 sequence coverage를 보여줄 수 있음을 확인했다. 물론 단백질의 Sequence 조합도 중요한 요소가 되었으 것이다. 2020. 4. 16. FIRE 파이어족이 온다-스콧 리킨스 파이어족, 생소한 단어다. 불지르는 족? 젊었을때 악착같이 아껴서 경제적 자립이후 조기 은퇴를 하는 사람들을 일컫는다. 악착같이 아껴서 재정자립을 한 후 일반적인 은퇴 시기보다 훨씬 더 일찍 은퇴를 하는 것이다. 요즘 미국에서 젊은 사람들 사이에 유행하고 있다고 한다. 한국인으로써 한국사회에서 돈을 벌고 있는 일단 직장인, 상공인들은 생각도 못할 일이다. 최근 유튜브에서 재정 관련 강의를 보았다. 은퇴할 나이가 훨씬 지났음에도 불구하고 여전히 돈을 위해서 노동을 하는 사람들이 많다고 한다. 연세드신 분이 여전히 택시 운전을 해야만 생계가 유지될 수밖에 없는 한국 사회를 지적하였다. 사실 책을 쓴 저자도 미국에서 상당한 돈을 벌고 있었던 사람이며 부인도 역시 보통 이상의 수입이 있었다. 그래서 그들의 파이.. 2020. 4. 16. 이전 1 ··· 83 84 85 86 87 88 89 90 다음
