전체 글519 BSA를 이용한 Disulfide-linked Peptides 검출법 종종 Disulfide-linked Peptides 분석에 대한 의뢰가 들어옵니다.. 하지만 disulfide bond 펩타이드 profiling 분석은 일반 분석서비스로 진행하기가 아직은 어렵습니다. 기존의 Database program으로 자동검색이 거의 불가능합니다. 또한 ETD와 같은 특별한 Fragmentation 모드가 필요하지만 만 최적화하기도 쉽지 않습니다. 만약 이미 예상한 Disulfide-linked Peptides 가 있을 경우에는 이를 확인하는 차원에서는 가능합니다. 왜나하면 각각의 펩타이드의 m/z 값을 알고 있으면 수작업으로라도 확인할수 있기 때문입니다. 아무튼 차후 분석의 최적화를 위해서 간단히 테스트를 해보았습니다. 기존 논문의 BSA를 이용한 연구결과를 참고 하였습니다. .. 2020. 4. 17. 단일 In-gel 밴드에서 99% Sequence coverage 얻기 얼마전에 분석의뢰자의 단일 단백질(~MW 100kDa) 에 해당하는 In-Gel band로 부터 99.04% sequence coverage를 얻었다. 총 778 펩타드가 검출되었다. (modified forms 과 mis-cleavage form 포함) 최근에 분석한 gel-band 중에서 가장 높은 Sequence coverage가 나온것 같다. 아래그림은 Base-peak chromatogram (왼쪽)과 Proteome discoverer(오른쪽, 약간 흐리게 처리) 에서 검색된 화면이다 잘 정제된 단백질과 충분한 양의 시료가 있으면 거의 100%에 가까운 sequence coverage를 보여줄 수 있음을 확인했다. 물론 단백질의 Sequence 조합도 중요한 요소가 되었으 것이다. 2020. 4. 16. FIRE 파이어족이 온다-스콧 리킨스 파이어족, 생소한 단어다. 불지르는 족? 젊었을때 악착같이 아껴서 경제적 자립이후 조기 은퇴를 하는 사람들을 일컫는다. 악착같이 아껴서 재정자립을 한 후 일반적인 은퇴 시기보다 훨씬 더 일찍 은퇴를 하는 것이다. 요즘 미국에서 젊은 사람들 사이에 유행하고 있다고 한다. 한국인으로써 한국사회에서 돈을 벌고 있는 일단 직장인, 상공인들은 생각도 못할 일이다. 최근 유튜브에서 재정 관련 강의를 보았다. 은퇴할 나이가 훨씬 지났음에도 불구하고 여전히 돈을 위해서 노동을 하는 사람들이 많다고 한다. 연세드신 분이 여전히 택시 운전을 해야만 생계가 유지될 수밖에 없는 한국 사회를 지적하였다. 사실 책을 쓴 저자도 미국에서 상당한 돈을 벌고 있었던 사람이며 부인도 역시 보통 이상의 수입이 있었다. 그래서 그들의 파이.. 2020. 4. 16. Promega 6 × 5 LC-MS/MS Peptide Reference Mix 를 이용한 시스템 QC 시스템 QC 용으로 Promega사의 6 × 5 LC-MS/MS Peptide Reference Mix 를 구매하여 테스트 하였다. 일반적으로 System Suitability 체크용 Standard 펩타이드의 경우 서로 동일한 농도를 가지는 서로 다른 펩타이드 의 Mixture이다. 혹은 일련의 서로 다른 농도를 가지는 서로 다른 펩타이드의 경우도 마찬가지이다 그러나 Promega 6 × 5 LC-MS/MS Peptide Reference Mix 는 6가지의 서로 다른 펩타이드를 가지며 동일한 펩타이드에 5가지 서로다른 농도의 heavy isotope이 포함되어 있다.. 즉 한번의 시료 주입으로 LC 시스템, 컬럼상태, 질량분석기의 Sensitivity와 Dynamic range 동시에 체크가 가능하다.. 2020. 4. 15. Active Background Ion Reduction Device (ABIRD)를 이용한 Background Peaks의 감소 측정 일을 시작하고 얼마후 질량분석기실에 아래 장비가 있는 걸 발견했다. 검색해서 찾아보니 ESI Source Solution LLC 사의(바로가기) ABIRD (An Active Background Ion Reduction Device, 바로가기)라는 장비였다. Nano spay ESI에서의 background를 현저히 감소시키는 장비로써 N2 가스등이 필요가 없는 아주 간단한 장비이다. Signal-to-noise 를 증가시켜 검출감도를 높이는것이라 생각된다. Air가 나오는 호스부분을 Spray tip 근처에 두고 스위치만 켜면 되다. (ESI Source 주위에 공간이 적어서 이 장비를 세워두는게 약간 불편했. 또한 Air가 나오는 부분의 호스의 끝부분을 Spray tip 근처로 두는것도 약간 불편했다.. 2020. 4. 14. Proteome Discoverer 2.4 의 Precursor Detector note를 이용한 단백질 검출 향상법 최근에 Proteome Discoverer 2.3을 2.4로 무료 업그레이드 하였다. 전체적으로 2.3과 크게 다르지 않은것 같다. 하지만 눈에 띄는것이 Precursor Detector node 이다. 인터넷 검색으로 찾아본 봐로는 아래와 같은 특성이 있다고 한다. Spectrum Selector by default chooses isotopic cluster selected by instrument • Precursor Detector node • Detects other isotopic clusters with peaks within the precursor isolation window • Duplicates MS/MS spectrum for each new precursor mass • Only.. 2020. 4. 13. 이전 1 ··· 80 81 82 83 84 85 86 87 다음
