전체 글519 Byonic™ 와 Proteome Discover의 결합으로 검출단 펩타이드수 증가시키는 방법 분석의뢰자의 시료를 분석하는 입장에서는 아무래도 최대한 많은 단백질 혹은 펩타이드를 검출하고 싶다. 물론 동일한 실험을 반복하던지 사전 분획을 많이 하여 분석하면 검출되는 수는 증가될것이다. 하지만 제한된 시간에서 특별한 노력을 들이지 않고 그 수를 증가 시킬수 있으면 일석이조의 효과를 얻을수 있을 것이다. HUPO와 ASMS 학회의 부스에서 보아왔던 Byonic™ 검색프로그램을 30일 trial로 다운로드 받아서 간단히 테스트 해보았다. Byonic™ 자체를 설치해서 검색할 수 있다. 하지만 현재 2개의 Proteome Discoverer 2.3 라이센스가 있기 때문에 Sequest HT에서 찾지 못하는 단백질/펩타이드를 Byonic이 얼마나 많이 찾을수 있는지가 더 궁금했다. 그래서 Byonic를 P.. 2020. 4. 9. ProteinProspector 를 이용한 특정 Enzyme에 대한 단백질의 예상 절단 펩타이드 확인하는 법 ProteinProspector IP 시료등 단일 표적 단백질의 분석을 진행하기 전에 반드시 거쳐야 할 과정은 적절한 enzyme 을 찾는것이다. 일단적인 단백질 동정분석에서는 trypsin이 큰 문제가 없으나 특별한 분석이 요하는 경우 trypsin이 적절치 않을때가 있다. 1) Protein N-terminal peptide의 PTM 여부 (e.g acetylation) 2)특정 염기의 PTM 여부 3)여러개의 Isoform 단백질을 구별하기 위한 특정 sequence 분석 이런 분석을 위해서는 다른 sequece 검출여부와는 상관없이 원하는 sequence를 질량분석기로 검출해야 된다. 질량분석에 원하는 영역이 적절한 길이 (8~20 염기)의 펩타이드가 생성되는지 확인할때 이 툴이 아주 유용하게 사.. 2020. 4. 9. 장비상태 확인을 위해 Standard BSA를 이용한 Unscheduled PRM 분석법 일반적으로 장비상태 점검을 위한 BSA 분석은 Data Dependent Acquisition (DDA) 방법을 이용합니다. 이를 통해 검출가능한 모든 펩타이드를 검출하고 이에 따라 BSA의 Sequence coverage 및 검출된 펩타이드를 점검합니다. 하지만 DDA의 경우 종종 연속적인 분석에 있어서 bias가 있을 수 있습니다. 즉 상대적으로 낮은 피크의 경우 반복적인 실험에서 일괄적으로 나오지 않을수 있기 때문입니다. (하지만 장비상태를 점검하는데는 아무런 문제는 없습니다) Parallel reaction monitoring(PRM)은 특정한 펩타이드만을 연속적으로 측정하기 때문에 bias가 적어 반복실험에서 일괄적인 결과를 도출할 수 있습니다. 이로 인해 장비의 감도를 보다 정확히 추적할 수 .. 2020. 4. 8. Pierce™ HeLa Protein Digest Standard (P/N 88329)로 장비상태 확인하는 방법 앞에서 이야기했듯이 장비의 상태를 점검하는데 단일 단백질인 BSA standard가 가장 널리 사용된다. 하지만 BSA는 단일 단백질이기 때문에 장비의 감도가 약간 좋지 않아도 여전히 좋은 결과를 얻을때가 있다. Complex 한 시료분석을 통해 검출되는 단백질수/펩타이드 수를 통해 장비의 감도를 확인할수있다. 또한 실제 complex한 시료를 분석하기 전에 LC gradient 를 최적화 할 수 있다. 이를 목적으로 Pierce™ HeLa Protein Digest Standard 를 사용하고 있는데 보통 아래의 경우에 사용한다. 1)새로운 장비를 설치 한후 2)LC troubleshooting후 확인 3)질량분석기 내부 청소후 4)Complex 분석시료 분석전 최적화 5)많은 시료수를 장기간 분석시 .. 2020. 4. 7. 질량분석기실을 소독약으로 닦으면 일어나는 일 Do not clean up with bleach Spor-Klenz disinfectants in the MS room Spor-Klenz disinfectants등 청소시약으로 MS room 청소시 불순물 피크 발생 오래전 일이다. 실험실 대청소하는 날이었다. 실험실 공용 소독약으로 청소할 예정이었다. 그러나 질량분석실에 있는 테이블도 이 소독약으로 닦아도 되나? 그래서 한번 테스트 해보기로 하였다. 연구용으로는 사용하지 않는 LTQ 가 있는 작은 방에서 테스트를 해보았다. 마음 같아서는 소독약을 바로 direct injection으로 측정하고 싶었지만 참았다. 대신 distinfectants disinfectants를 티슈에 살짝 뭍힌후 LTQ ESI source 근처와 아래에 놓고 backgrou.. 2020. 4. 6. P-2000 Laser-Based Micropipette Puller 로 Nano column 만들기 대형회사가 아니면 보통 실험실에서는 컬럼을 만들어 사용한다. 처음 일을 시작할때 실험실에 Laser puller가 있었는데 아무도 사용하지 않고 있어서 조금 의아해 했다. 다른 휴대용 가스토치로 직접 만들어 사용하고 있었다. Vanderbilt University에 있었을때 이 laser puller를 사용했기에 그냥 쉽게 사용할 수 있었다. https://www.sutter.com/MICROPIPETTE/p-2000.html Laser puller로 만든 컬럼이라도 항상 좋은 피크모양을 보장하지 않는다. 특히 C18을 충진하는 과정에서 비일괄적으로 충진되는 경우가 종종 있다. 그래서 같은 protocol을 사용하더라도 충진되는 시간도 다르고 LC에 연결했을때 backpressure도 다르다. 보통 사용.. 2020. 4. 6. 이전 1 ··· 82 83 84 85 86 87 다음
