단일 In-gel 밴드에서 99% Sequence coverage 얻기

얼마전에 분석의뢰자의 단일 단백질(~MW 100kDa) 에 해당하는 In-Gel band로 부터  99.04% sequence coverage를 얻었다.  총 778 펩타드가 검출되었다. (modified forms 과 mis-cleavage form 포함)

 

최근에 분석한 gel-band 중에서 가장 높은 Sequence coverage가 나온것 같다.  아래그림은 Base-peak chromatogram (왼쪽)과 Proteome discoverer(오른쪽, 약간 흐리게 처리) 에서 검색된 화면이다

 

 

 

잘 정제된 단백질과 충분한 양의 시료가 있으면 거의 100%에 가까운 sequence coverage를 보여줄 수 있음을 확인했다. 물론 단백질의 Sequence 조합도 중요한 요소가 되었으 것이다.