Proteome Discoverer 2.4 의 Precursor Detector note를 이용한 단백질 검출 향상법

최근에 Proteome Discoverer 2.3을 2.4로 무료 업그레이드 하였다. 전체적으로 2.3과 크게 다르지 않은것 같다.

하지만 눈에 띄는것이 Precursor Detector node 이다.

인터넷 검색으로 찾아본 봐로는 아래와 같은 특성이 있다고 한다.

 

 

Spectrum Selector by default chooses isotopic cluster selected by instrument

• Precursor Detector node

• Detects other isotopic clusters with peaks within the precursor isolation window

• Duplicates MS/MS spectrum for each new precursor mass

• Only input parameter: Input S/N

• A search engine can identify multiple peptides in the same MS/MS spectrum.

• Works only with Sequest HT and MSPepSearch

• Can increase proteins IDs up to 10-20%, peptide group IDs up to 15-30%

 

 

출처: https://www.pragolab.cz/files/aktuality/2019-11/Proteome_Discoverer_2_4_overview.pdf

 

실제로 PD2.3 버전에 비해서 얼마만큼 더  단백질/펩타이드를 검출할수 있는지 확인해보았다

기존의 있던 데이타를 이용하여 PD2.3, PD2.4 without Precursor Detector node, 그리고 PD2.4 with Precursor Detector node 각각 테스트 해보았다.

 

아래 그래프는 각각의 workflow에서 검출된 단백질 및 펩타이드 숫자이다.

 

P.D. : Precursor detector

결과는 생각보다 좋았다. Precusor detector node를 사용했을때  단백질에서 약 16%, 펩타이드에서 24%  각각 검출된 수가 증가하였다. 이 Node는 high resolution MS and MS/MS 분석을 이용한 LFQ 분석시 많은 장점을 가지고 있는 것 같다.