프로테오믹스(단백체학)361 OTOT 와 OTIT DDA에서의 CHIMERYS의 효과 일반적으로 복잡한 시료의DDA분석에서 한개의 MS2 스펙트럼에는 한 개 이상의 펩타이드의 fragment ions이 들어가 있습니다. 하지만 기존의 Database 검색에서는 섞여 있는 MS2 스펙트럼 중에 가장 Major한것만을 찾아내는 경향이 있습니다. CHIMERYS는 이러한 섞여 있는 MS2 스펙트럼에서 각각의 펩타이드를 찾아낼 수 있는 능력이 있습니다. 100ngHeLa를 1.6Da isolation OTOT와 OTIT에서 얻어진 결과를 SEQUEST와 CHIMERYS로 각각 분석했을 때 얼마만큼의 단백질과 펩타이드의 수가 증가되는지 확인해보았습니다. 1.6 Da isolation은 보통 DDA에서 분석할때 사용하고 있습니다. 이론적으로 CHIMERY는 OTOT 분석에 최적화 되어 있습니다. M.. 2022. 12. 10. 100pgHeLa 에서 1000 단백질 검출 이전 글에서 1ng HeLa에서 2000개의 단백질을 검출한 내용이 있습니다. Direct injection mode 로 1ng HeLa로 2000개 단백질 검출하기 (tistory.com) Direct injection mode 로 1ng HeLa로 2000개 단백질 검출하기 양이 매우 작은 시료의 경우 최대한 시료의 손실을 줄이는 것이 중요합니다. 앞의 글에서 적혀있듯이 trap-column을 사용하지 않고 Analytical column으로 바로 주입함으로써 Trap-column에서 발생하는 손 proteomicstechnology.tistory.com 요즘 하도 Single-cell proteomics라는 말을 해서 그런지 1ng보다 적은 양으로 분석을 해보았습니다. 얼마전에 엔지니어분이 장비를 .. 2022. 12. 8. 2022 HUPO (Cancun) 12/4 참으로 오래간만에 참석하는 World HUPO 입니다. HUPO와 ASMS가 해외에 나가는 거의 유일한 통로였는데... 간만에 외국으로 나왔네요. 일요일의 Pre-Congress workshop 의 Single-cell Proteomics 패널들입니다. 미리 강의 동영상이 올라온 상태였고 현장에서는 질의 응답하는 식으로 진행하는데.. 참석자들이 많지는 않네요 호텔에서 찍은 Cancun 바다입니다. 2022. 12. 5. CHIMERYS Webinar Hidden Traces – Using Chimeric Spectra To Boost Protein Identification Rates (technologynetworks.com) Hidden Traces – Using Chimeric Spectra To Boost Protein Identification Rates In this webinar, we explore how the CHIMERYS intelligent search algorithm gives us a handle to elucidate the hidden traces within chimeric spectra . We’ll also discuss how CHIMERYS increases instrument efficiency and pr.. 2022. 12. 1. Wide Isolation window를 이용한 CHIMERYS 분석 CHIMERYS를 이용한 데이타분석에서의 큰 장점은 아마 한개의 spectrum에서 2개이 상의 펩타이드를 검출해낼수 있는 기능입니다. 그러므로 동일한 raw파일을 사용하더라도 CHIMERYS에서 더 많은 단백질을 검출할수 있는 이유중 하나입니다. 한개 이상의 펩타이드에 의해서 생성된 MS2 스펙트럼에서 각각의 펩타이드를 구분해낼수 있는 기능이 있습니다. CHIMERYS사용시 넓은 Isolation window를 사용할 경우 기존방법에 비해서 더 많은 펩타이드를 검출할수있는 논문이나 자료등이 있습니다. PowerPoint Presentation (thermofisher.com) Data-Dependent Acquisition with Precursor Coisolation Improves Proteome.. 2022. 11. 28. CHIMERYS 검색엔진 테스트 (100ng HeLa std, Eclipse) CHIMERYS를 Proteome Discoverer 3.0에 연동시킨후 이전 실험데이타로 간단히 테스트를 해보았습니다. 이전글: Proteome Discoverer 3.0에 CHIMERYS 설치 완료 (tistory.com) Proteome Discoverer 3.0에 CHIMERYS 설치 완료 11월 중순인데 미시간에는 벌써 눈이 엄청오기 시작했습니다. 아이들 학교도 닫았고 저도 그냥 집에서 일을 하고 있습니다. 그 와중에 드디어 CHIMERY account를 받았습니다. 이제 두대의 workstation에 proteomicstechnology.tistory.com 100ng HeLa 를 이용하여 Orbitrap Eclipse (1hr LC gradient, OTIT, FAIMS) 로 분석한 결과를 .. 2022. 11. 24. 이전 1 ··· 11 12 13 14 15 16 17 ··· 61 다음
