프로테오믹스(단백체학)361 Proteome Discoverer + CHIMERYS License backorder Proteome Discoverer 와 같은 라이센스는 장비부품이 아니기 때문에 주문후 보통은 짧은 기간안에 받게 됩니다. 하지만 몇개월 전에 주문한 Proteome Discoverer 3.0 과 CHIMERY 를 아직도 받지 못했습니다. 문의한 결과 계속 진행중이라고만 답변이 옵니다. 몇일전에 슈퍼바이저의 답변을 들었는데 "BACKORDER"랍니다. Code만 받으면 되는 주문에 Backorder가 났습니다. 관련된 사람들도 이해할 수 없다고 하네요. 팬데믹이후 대부분의 물건 공급망에 문제가 있는 건 알았지만 라이센스 코드에도 적용될줄은 몰랐네요 :) 2022. 10. 15. Phosphopeptide-enriched TMT samples은 MS3 혹은 MS3+RTS가 필요할까? 몇몇 논문에서 MS3 방법을 이용하여 Phosphopeptide 분석을 한것을 본것 같습니다. Ratio-suppression 문제는 시료가 아무 복잡할때 발생합니다. 그렇다면 Phosphopeptide만을 선택으로 회수한 TMT 시료에도 MS3 방법을 사용하는것이 좋을까요? 짧은 생각으로는 필요가 없지 않을까 생각합니다. 하지만 MS3를 사용하면 더 좋은 결과를 가질수 있을까? 아니면 MS3 단계로 인해 오히려 검출수가 떨어지지 않을까 하는 생각도 있습니다. 사실 이것을 확인하기 위해서 테스트를 해보고 싶긴합니다. 하지만 결론을 내기 위해서는 상당한 양의 시료가 있어야 되는데 Phosphopeptide enrichment 된 TMT시료를 많이 확보하는것이 쉽지 않습니다. 오늘 Steven Gigy 교수.. 2022. 10. 14. TMT labeling시 pH조건의 중요성 얼마전에 우연히 TMT labeling에 있어서 PH의 조건이 아주 중요하다는것을 설명해주는 논문을 읽었습니다. Labeling 시 pH조건이 중요한것은 알고 있었지만 이렇게 실험결과로 보니 다시 한번 인지하게 되었습니다. Assessment of TMT Labeling Efficiency in Large-Scale Quantitative Proteomics: The Critical Effect of Sample pH | ACS Omega ACS Omega 2021, 6, 19, 12660–12666 일반적으로 TMT labeling전 시료는 clean-up을 하고 또한 반응시 basic buffer (보통 TEAB)를 사용하기 때문에 특별히 pH가 변할 이유는 없습니다. 처음 실험을 하는 사람의 경우 .. 2022. 10. 9. Spectronaut 16의 Extension Library Runs 사용시 중요한 팁 Spectronaut 16 으로 DIA 분석시 Extension library run 옵션은 아주 유용한 기능중 하나입니다. 얼마전에 SDS buffers를 이용하여 추출한 시료를 DIA로 분석후 SP16으로 분석을 하였는데 생각만큼 많은 수가 검출되지 않았습니다. 기존의 Urea 로 extraction한 시료와 별반 다르지 않았습니다. 장비의 감도가 떨어지거나 LC장비의 문제가 아닌것을 확인하였습니다. 생각해보니 Extension library runs을 사용할때 Urea로 extraction하여 얻은 DIA와 DDA raw파일을 이용하였습니다. 이전 DDA실험에서 SDS 를 사용했을때 Urea에서 검출되지 않았던 많은 단백질과 펩타이드가 검출이 되었습니다. 즉 SDS 시료에서 얻은 DIA 결과에서 많.. 2022. 9. 27. Single-Shot 10K Proteome Approach (JPR, 2022, 21, 6, 1418–1427) 최근에 아주 흥미로운 논문을 읽었습니다. 제목이 아주 핫 한것 같습니다. 한번 분석으로 10K 단백질을 검출한다는 논문입니다. 물론 이전 같으면 일단 의심부터 하게 되었을텐데 요즘 장비의 기술을 생각하면 불가능한것도 아닙니다. 하지만 보통 검출되는 숫자보다 많을 경우 실험방법에서 뭔가 특별한것이 있는 경우가 많습니다. 예를 들면 아주 작은 사이즈의 C18 을 사용하였거나 아주 긴 컬럼을 사용한 경우입니다. Single-Shot 10K Proteome Approach: Over 10,000 Protein Identifications by Data-Independent Acquisition-Based Single-Shot Proteomics with Ion Mobility Spectrometry | Jour.. 2022. 9. 15. Protein Extraction을 위한 Buffer 선택 LC와 질량분석기의 성능이 아주 빠르게 발전하고 있지만 시료전처리부분은 아직까지도 표준화된 방법이 없는 것 같습니다. 최근까지도 시료전처에 대한 비교 논문이 나오고 있다는것이 하나의 예가 될듯합니다. 많은 방법이 있지만 각자 실험실에서 익숙한 재료를 이용하는 경향이 있는것 같습니다. 사실 실험실에서 늘 해왔던 방식을 바꾸기는 쉽지 않을것입니다. 최근에는 S-trap 으로 인해 SDS로 단백질을 추출하여 분석하는데 큰 어려움이 없습니다. 하지만 Kit를 사용하는것이 불편한 사람들은 그냥 기존에 사용하던 Buffer 를 사용하는것 같습니다. 개인적으로 단백질 추출시UREA와 TFE(Tetrafluoroethylene)를 혼합한 Buffer를 사용했습니다. 특별히 실험결과에 문제점이 없었습니다. 하지만 새로운.. 2022. 9. 13. 이전 1 ··· 13 14 15 16 17 18 19 ··· 61 다음
