'프로테오믹스(단백체학)' 카테고리의 글 목록 (17 Page)
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프로테오믹스(단백체학)361

INFERYS를 이용한 Spectra-library 생성과 MSPep search INFERYS를 이용하여 Spectra-library를 만들수 있습니다. 만들어진 Spectra-library는 Proteome Discoverer의 MSPep Search node를 통해 사용할수 있습니다. Creation of a Predicted Spectra Library PD에서 INFERYS 심볼이 보입니다. Predict를 누르고 원하는 FASTA file과 관련 정보를 입력합니다. IMFERYS는 펩타이드의 길이에 제한이 있습니다. 보통 7~30사이를 설정합니다. Start를 누르면 생성이 시작됩니다. 상당한 시간이 소요됩니다. 생성이 끝난후 아래 아이콘을 클릭하면 생성된 Spectra-library를 볼수 있습니다. Workflow에서 MSPep search를 불러온후 클릭하여 생성된 S.. 2022. 9. 11.
Orbitrap Eclipse Deep cleaning Orbitrap Eclipse를 설치한지 약 8개월이 되었습니다. 연구소에서는 이 장비의 성능을 테스트하고 분석방법 최적화 하는데만 대부분의 시간을 사용할수 있도록 해 주었습니다. 그동안 대부분 표준시료들을 사용하였기에 오염에 의한 감도저하는 거의 없었습니다. 최근에는 Trap-column을 사용하지 않았음에도 불구하고 큰 문제가 없었습니다. 상대적으로 깨끗한 시료를 사용한것과 더불어 FAIMS가 오염물질을 제거하는데 도움이 된것 같습니다. Warranty가 끝나기 전에 Deep cleaning을 요청하였습니다. 개인적으로 장비의 안쪽까지 오픈하는것을 좋아하지 않습니다. 어느분의 말대로 사람도 수술을 위해 배를 절재하면 그 다음에 더 많은 문제가 생길수 있기 때문입니다. 그래서 엔지니어와 상의한후 안쪽까.. 2022. 9. 9.
Mouse Plasma 시료 FAIMS Gas-Phase Fractionation으로 분석하기 Plasma 시료를 FAIMS의 Gas-Phase Fraction로 분석해 보았습니다. 오래전이긴 하지만 Plasma 시료의 경우 stage-tip fractionation을 사용해도 검출수가 그다지 증가되지 않았던것 같습니다. FAIMS의 Gas-Phase fraction이 얼마나 효과가 있는지 궁금했습니다. FAIMS를 이용한 Gas-Phase Fractionation (tistory.com) TMT11 시료에서 hpRP 분획과 & FAIMS Gas-Phase Fractionation (tistory.com) TMT11 시료에서 hpRP 분획과 & FAIMS Gas-Phase Fractionation 앞의 글에서 FAIMS를 이용한 Gas-Phase fractionation의 유용성 확인해보았습니다... 2022. 9. 6.
FAIMS를 이용하여 1ng HeLa 시료 DIA로 분석하기 극미량의 분석에 있어서 FAIMS 장비는 단백질 검출에 상당한 도움을 줍니다. 현재 셋팅된 장비를 이용해서 DDA분석에서 약 2000개의 단백질을 검출할수 있습니다. Orbitrap Eclipse + FAIMS로 단백수/펩타이드 검출수 증가시키기 (tistory.com) Orbitrap Eclipse + FAIMS로 단백수/펩타이드 검출수 증가시키기 120min Gradient에서 약 6400 단백질 검출 아직 최적화 되지 않은 상태이지만 FAIMS를 이용하여 1ug K562 단백질에서 120min gradient로 약 6400개의 단백질을 검출하였습니다. 분획을 하지않은 120min LC gradien.. proteomicstechnology.tistory.com Direct injection mode.. 2022. 9. 4.
HUPO 2022 (Cancún, Mexico) 한국에 있을때는 2005년부터 2013년까지 매년 참석을 했었는데.. 미국와서는 거의 참석을 못했네요 HUPO 2013 - Yokohama, Japan HUPO 2012 - Boston, USA HUPO 2011 - Geneva, Switzerland HUPO 2010 - Sydney, Australia HUPO 2009 - Toronto, Canada HUPO 2008 - Amsterdam, Netherlands HUPO 2007 - Seoul, Korea HUPO 2006 - Long Beach, USA HUPO 2005 - Munich, Germany 몇일전에 멕시코, 칸쿤에서 열리는 HUPO 2022에 등록하고 호텔도 예약했습니다. 오래간만에 가는 학회라 기대가 됩니다. Home - HUPO 20.. 2022. 9. 2.
FTP를 이용해서 ProteomeXchange에 있는 파일들을 한꺼번에 다운 받기 요즘은 많은 논문에서 raw 파일을 업로드를 요구합니다. 그래서 아주 좋은 결과에 대한 raw 파일들을 다운받아서 재 분석해볼수가 있습니 ProteomeXchange가 대표적인 포털사이트입니다. 보통 한 두개는 해당 파일을 클릭해서 다운 받을수 있지만 파일 수가 많고 사이즈도 클때는 불편합니다. 이럴때 FTP를 이용해서 쉽게 다운로드할수 있습니다. Download FileZilla Client for Windows (64bit x86) (filezilla-project.org) FileZilla를 다운 받습니다. 설치후 오픈합니다. File-Site Manager "New Site"를 클릭합니다. 새로운 폴더를 만들수 있습니다. 적당한 이름을 적습니다. 오른편의 Host에 ftp.pride.ebi.ac... 2022. 9. 2.

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