프로테오믹스(단백체학)361 ProteaseGuru: A Tool for Protease Selection in Bottom-Up Proteomics 특정 단백질에서 Enzyme별로 생성되는 펩타이드를 확인할때 유용하게 사용할수 있는 툴입니다. 아래 사이트에서 다운받으면 됩니다. 간단히 설치할수 있습니다. GitHub - smith-chem-wisc/ProteaseGuru 주로 Prospector MS-Fit (ucsf.edu) 를 사용하였는데 이 ProteaseGuru는 조금 더 다양한 옵션이 있습니다. 여러 enzyme를 동시에 선택해서 한 그래프로 볼수 있으며 또한 생성된 펩타이드리스트를 txt 파일로 저장할수 있습니다. 2022. 6. 29. Direct injection mode에서 Inline Filter 사용하기 앞글에서 Direct Injection의 유용성의 예를 보여드렸습니다. 하지만 Direct Injectino은 실험실에 따라 꺼려하는 경우도 있습니다. 감도를 높이는것보다 컬럼 손상이나 장비오염 문제에 더 신경을 써야 하기 때문입니다. 일반적으로 시료는 분석적에 C18 으로 정제를 합니다. 하지만 여전히 불순물이 남아 있을수 있습니다. 또한 컬럼에 손상을 주는 입자들이 남아 있을수도 있습니다. 이론적으로 생각한다면 컬럼에 손상을 줄수있는 입자들은 C18 컬럼정제과정에서 제거될수있습니다. C18 자체가 Filter 역활을 하기 때문입니다. 하지만 추가적으로 컬럼을 보호하고 싶다면 Online Inline Filter를 장착할수 있습니다. 상세한 정보는 아래와 같습니다. Viper™ and nanoViper.. 2022. 6. 29. Vanquish Neo에서 Direct injection mode 로 검출수 높이기 대부분의 실험실에서 Nano HPLC 시스템에 Trap-column을 장착하여 사용합니다. Trap-column의 효용성은 널리 잘알려져 있습니다. 특히 Analytical column으로 분석하기전 시료를 정제하고 농축하는 기능이 있습니다. Analytical column을 보호할뿐만 아니라 장비의 오염의 최소화 할수 있습니다. 또한 높은 유속(5~10 uL/min)으로 시료를 Loading하는 기능이 있습니다. 만약 Nano Analytical column에 5uL의 시료를 바로 주입하게 되면 300nL/min의 유속으로 거의 20분에 가까운 시간이 소요됩니다. 하지만 Trap column없는 Direct injection의 유용성도 많습니다. 무엇보다도 모든 시료가 바로 Analytical colu.. 2022. 6. 29. 단일 단백질 검출시 Dynamic Exclusion 기능 없이 분석하기 DDA 분석에서 Dynamic Exclusion은 반드시 필요한 파라미터입니다. 이 기능을 사용하지 않으면 Intensity가 높은 피크들이 중복되어 분석되기 때문에 낮은 intensity를 가지는 피크들은 검출이될 기회가 줄어들게 됩니다. Complex 시료에서 상대적은 양이 적은 펩타이드를 검출하기 위해서는 반드시 사용해야할 기능입니다. 하지만 펩타이드의 수가 그렇게 많지 않은 단일 단백질의 경우에는 어떨지 궁금합니다. 특별히 Orbitrap 장비에서 Data dependent Mode에서 "Cycle time" 기능이 있습니다. 주어진 시간동안 MS1에서 검출된 피크들을 가능한 많이 MS2를 수행합니다. 단일 단백질에서 얻어진 펩타이드의 수는 그다지 많지 않을 뿐더라 LC 를 통해 분리되기 때문에 .. 2022. 6. 24. Orbitrap Eclipse에서 Turbo TMT 기능 최근 Orbitrap 장비에는 Turbo TMT 기능이 있습니다. TMT reporter ion 들의 m/z영역만을 선택적으로 Resolution을 증가시키는 기능입니다. TurboTMT intelligent acquisition based on novel ΦSDM spectral processing increases resolution to baseline resolve TMT reporter ion isotopologues and speeds up a spectral acquisition for TMT 11plex experiments, thereby increasing throughput for identification of quantifiable peptides (From Thermo Websi.. 2022. 6. 23. Single Charge background peak들이 보기싫다면(Feat. FAIMS) LC-MS/MS 분석에서 피할수 없는 대표적인 background peak들을 FAIMS에서 쉽게 제거할수 있습니다. 아래에서 보듯이 대략 -45V에서 일반적인 background peak들이 완전히 제거되었습니다. 보기 싫은 background peak이 있다면 -45V 이상에서 사용하면 좋습니다. 물론 원하는 펩타이드가 같이 제거된다면 안되겠지만요. Background peak들 안녕~. 2022. 6. 18. 이전 1 ··· 17 18 19 20 21 22 23 ··· 61 다음
