프로테오믹스(단백체학)361 DIA experiments with noFAIMS vs FAIMS? 이전글에 FAIMS를 이용한 DIA 분석에 대해서 간단히 설명하였습니다. 언급했듯이 FAIMS를 이용한 DIA에서는 각 CV값별로 분석시간이 요구됨으로 Cycle time 관점에서 보면 단점이 있습니다. 하지만 반대로 complexity를 줄여서 감도를 향상시키는 장점이 있습니다. 둘 중에 효과가 큰것에 따라 장점이 될수 있고 단점이 될수 있을 듯합니다. 앞으로의 DIA분석에서 FAIMS를 사용해도 될지 결정하기 위해서 간단히 비교실험을 해보았습니다. Promega사의 K562 를 tryptic digestion후 2ug을 각각 3번 주입하였습니다. No FAIMS와 FAIMS에서의 질량분석기 파라미터는 기존의 실험에서 최적화한것을 각각 사용하였습니다. 모두 8 data-points 이상을 가지는 조건으.. 2022. 5. 27. FAIMS를 이용한 DIA분석에서 고려해야 될것들 DIA의 목적은 분획하지 않고 최대한 많은 단백질/펩타이드를 검출하는것과 더불와 높은 정량성을 얻기 위함입니다. 그러므로 FAIMS를 이용한 DIA분석조건을 최적화하기 위해서는 단백질/펩타이드의 수의 증가와 함께 정량성을 반드시 고려해야 됩니다. FAIMS의 경우 CV값별로 DIA를 수행해야 함으로 FAIMS가 없는 상태에서 하는것보다는 한 Cycle을 완료하는데 더 시간이 많이 소요됩니다. Data Point 정량성을 고려할때 체크해야할 것중에 하나가 Data point입니다. 보통 8~10 point가 되면 좋습니다. Isolation window값이 적어질수록 그리고 CV값의 수가 증가될수록 검출되는data point는 줄어들게 됩니다. Qualbrowser 에서 DIA data point 수 확인.. 2022. 5. 25. FAIMS Inner/Outer electrode 세척 FAIMS로 인해 감도가 줄어든다면 간단히 Inner / outer electrode를 세척하면 됩니다. 몇주 사용하고 후에 열어보니 Inter electrode가 상당히 오염되어 있습니다. S-lens처럼 장비의 진공을 빼지 않아도 되니 필요할때 언제든지 해도 됩니다. 메뉴얼에는 1% solution of Liquinox (Alconox)를 사용하여 세척한후 H2O와 Method로 간단히 세척하면 된다고 나와 있습니다. 처음에는 Liquinox를 사용하는것이 꺼려져서 Methanol로만 세척하였는데 오염부분이 완전히 제거 되지 않았습니다. 하지만 Liquinox로는 살짝만 문질러도 제거가 되었습니다. 주의할점은 Inter electrode 와 Outer electrode만 Sonication이 가능합니.. 2022. 5. 22. FAIMS를 사용하면서 알게된 것들 Bruker사의 timsTOF 가 출시되고 관심을 받는 시기에 FAIMS를 접했던터라 FAIMS도 timsTOF과 동일한 기능을 가진것이라고 생각했습니다. LC에서 분리된 펩타이드를 추가적으로 분리한다는 점에서는 동일한 목적을 가지고 있지만 분리되는 메카니즘은 다른것 같습니다. 설치위치 FAIMS는 Orbitrap장비의 외부에 장착됩니다. Nano & ESI source가 장착되는 부분에 FAIMS 를 장착합니다. 그리고 다시 그 앞에 nano ESI를 장착합니다. LC에서 분리된 펩타이들이 FAIMS를 거친후 선택적으로 질량분석기로 들어갑니다. 처음 FAIMS를 접했을때 Bruker사의 IMS와 같은 역활을 기대했습니다. 물론 두 시스템에 대해서 전혀 몰랐을때 입니다 (사실 지금도 잘 모릅니다.) FA.. 2022. 5. 20. Proteome Discoverer Workshop (June 14-17, 2022)/무료 온라인 주기적으로 온라인 웍샵을 하는것 같습니다. 몇달전에 들었는데 매우 유익했습니다. 미국시간이라 한국에서는 참석이 어려울듯 합니다. 이번에 출시는 Proteome Discoverer 3.0에 대한 소개도 있을듯합니다. Registration link 2022. 5. 20. Sutter Instrument P-2000의 두가지 모델(P-2000/G and F) 몇개월 된 일이지만 P-2000은 두개의 모델이 있다는것을 알았습니다. 사실 견적을 받을때 두가지의 종류가 있는지 몰랐습니다. 프로테오믹스연구 용도로 주문을 했는데 특별한 언급없이 견적을 받았기에 주문을 하였습니다. 받아보니 기존의 모양과 약간 다르다는것을 알고 확인해보니 두개의 모델이 있었습니다. 장비설명 중간에 적혀있어서 자세히 보지 않으면 찾기가 어려울듯합니다. Nanospray mass spectrometry는 P-2000/F를 사용해야 된다고 적혀있습니다. 아래와 그림과 같이 컬럼이 장착되는 부분의 모양이 다릅니다. P-2000/F의 경우 Capillary 튜빙이 장착될수 있도록 홈이 있습니다. 사실 앞쪽에 컬럼을 장착하는 부분만 다른것 같아서 P-2000/G로도 가능할것 같기도 합니다. 하지만.. 2022. 5. 18. 이전 1 ··· 20 21 22 23 24 25 26 ··· 61 다음
