프로테오믹스(단백체학)362 Single Charge background peak들이 보기싫다면(Feat. FAIMS) LC-MS/MS 분석에서 피할수 없는 대표적인 background peak들을 FAIMS에서 쉽게 제거할수 있습니다. 아래에서 보듯이 대략 -45V에서 일반적인 background peak들이 완전히 제거되었습니다. 보기 싫은 background peak이 있다면 -45V 이상에서 사용하면 좋습니다. 물론 원하는 펩타이드가 같이 제거된다면 안되겠지만요. Background peak들 안녕~. 2022. 6. 18. Voltage를 켜지 않고 nano Spray-tip을 방치하면 생기는 일 Nano Column Spray tip 의 오염이나 손상을 줄이기 위해서 LC를 켜놓은 상태에서는 Spray voltage를 켜놓아야 된다고 들었을것입니다. 사실 사용하지도 않는데 Spray voltage를 계속 켜놓아야되는것이 결코 편하지는 않습니다. 그렇지 않을려면 nano HPLC의 flow를 off 시켜야 되는데 nano HPLC의 경우도 가능한 용매가 흘르게 두는것이 좋습니다. 사실 얼마나 혹은 어떻게 tip이 손상되는지 잘모릅니다. 여러가지 이유가 있을수 있겠지만 용매가 흘르는 상태에서 Voltage 꺼둔 상태에서 장기간 두게 되면 Spray tip끝에 응집된 용매가 마르면서 tip을 오염시킬수 있습니다. HPLC용 용매는 순도가 높아서 큰 영향을 없을것 같긴 하지만 종종 발생하기도 합니다. .. 2022. 6. 18. Biognosys Spectronaut 16 출시 (40% 펩타이드 수 증가?) 이번 70th ASMS에서 Biognosys 사의 Spectronaut(SP) 15버젼이 16버젼으로 업그레이드 되었습니다. 이번 업그레이드로 이전버젼에 비해 더 많은 단백질/펩타이드를 검출할수 있게 되었습니다. ASMS 학회기간중에 업그레이드가 되어서 호텔에서 간단하게 테스트를 해보았습니다. 이전에 검출했던 200ng HeLa 시료를 두 버젼에서 각각 분석해보았습니다. 아래와 그래프에서 보듯이 동일한 raw 파일이지만 SP16버젼에서 각각 12%, 10%의 단백질과 펩타이드의 수가 증가되었습니다. 또 하나의 아주 유용한 새로운 기능은 Library Extension runs입니다. 이전 버전에서는 DirectDIA분석시 해당 protein sequence를 첨가한후 분석을 합니다. 이번 버젼에서는 DI.. 2022. 6. 18. MassPREP Phosphopeptide Standard Enolase (Waters) Phosphopeptide 분석실험법을 최적화하기 위해서는 Phosphopeptides만을 분석하는것보다 실제 실험환경과 유사한 Background 피크들이 존재하는 상태에서 실험하는것이 더 좋습니다. Waters 사의 MassPREP Phosphopeptide Standard Enolase는 Phosphopetide분석을 처음 시작하는 사람들에게 유용한 standard입니다. Enolase 단일 단백질에 해당하는 펩타이드와 4가지의 합성된 Phosphopeptides (Enolase 유래)가 포함되어 있습니다. Vial당 1nmol로 판매되며 적절한 용매로 녹여서 사용하면 됩니다. 아래는 100fmol에서 얻어진 크로마토그램입니다. 4개의 Phosphopeptide에 대한 Extraction Ion C.. 2022. 6. 11. EasySpray source에 직접 만든 저렴한 컬럼 장착하기 Thermo사의 EasySpray source는 EasySpray 컬럼전용입니다. 일반컬럼을 사용하기 위해서는 Flex ion source를 사용해야 합니다. 컬럼에 따라 번갈아 가면서 사용하면 됩니다. 하지만 일반컬럼을 EasySpray 컬럼에 장착할수 있습니다. 이번에 ASMS에서 Phoenix S&T 대표인 Sau Lan Staats 를 만났습니다. 사실 초창기 홈페이지에 저의 추천글이 있었는데 지금은 없어졌습니다. 초창기 회사라서 아마 유명한 사람을 찾지 못했던것 같습니다. Phoenix S&T 회사에서 판매하는 연결 부품만 구매하면 일반컬럼을 EasySpray컬럼에 장착할수 있습니다. 이 회사에 대표적인 제품인 연필형태의 EasySpray전용컬럼 히터를 같이 구매하면 EasySpray Sourc.. 2022. 6. 10. 소형 시료전처리 자동화 시스템 (70th ASMS) 시료전처리 Automation 장비를 사용해본 경험이 있는 사람들은 아시겠지만 Automation 장비가 광고처럼 그렇게 잘 작동하지는 않습니다. 중간중간에 사람의 손이 필요한 경우도 있고 테스트시료에서는 잘되지만 실제 시료에서는 오류 발생할때가 있습니다. 장비가 테스트 시료인지 실제 시료인지 구분을 하는것 같습니다. 자동화 장비에 대한 부정적인 생각이 있지만 그동안 장비의 효율이 많이 좋아졌으리라 생각합니다. 개인적인 생각은 모든 과정을 Fully automation 할수 있는 장비보다는 특정한 부분에서 오류없이 작동하는것도 괜찮을것 같습니다. 큰 제약회사의 경우 Agilent사의 Bravo와 같은 큰 장비를 사용하게지만 일반 작은 실험에서는 적합하지 않습니다. 이전의 장비들은 아주 덩치가 커서 공간을.. 2022. 6. 10. 이전 1 ··· 18 19 20 21 22 23 24 ··· 61 다음
