소형 시료전처리 자동화 시스템 (70th ASMS)

시료전처리 Automation  장비를 사용해본 경험이 있는 사람들은 아시겠지만 Automation 장비가 광고처럼 그렇게 잘 작동하지는 않습니다. 중간중간에 사람의 손이 필요한 경우도 있고 테스트시료에서는 잘되지만 실제 시료에서는  오류 발생할때가 있습니다. 장비가 테스트 시료인지 실제 시료인지 구분을 하는것 같습니다.  자동화 장비에 대한 부정적인 생각이 있지만 그동안 장비의 효율이 많이 좋아졌으리라 생각합니다. 개인적인 생각은 모든 과정을 Fully automation 할수 있는 장비보다는 특정한 부분에서 오류없이 작동하는것도 괜찮을것 같습니다.  큰 제약회사의 경우 Agilent사의 Bravo와 같은 큰 장비를 사용하게지만 일반 작은 실험에서는 적합하지 않습니다.

 

이전의 장비들은 아주 덩치가 커서 공간을 많이 차지하였지만 요즘은 크기가 작아지고 있습니다. 연구소에  사용하지 않는 Opentron 의 OT-2가 있어서 곧 셋팅을 할 예정입니다.  이전 연구소에서 구매를 한후 테스트를 하는 도중에 팬데믹이 발생하여 제대로 사용해보지 못했습니다.  광고에는 $5,000로 나오지만 이건 순수한 박스 가격이며 파이펫이나 기타 필수 부품을 추가할때마다 가격이 올라갑니다. 기본전처리를 위한 부품을 다 포함하면 $10,000~15,000 정도 될듯합니다.  

기본 프로그램은 웹사이트에서 간단히 만들수 있지만 실험실에서 직접 적용하기 위해서는 Python으로 프로그램을 만들어야 합니다. 업체에서 도와주기는 하지만 약간 불편한점이 있습니다.  장비안에 들어가는 Module을 계속 개발하고 있어서 이전에 하지 못했던 기능들이 추가되고 있습니다. Heating block도 새로 추가된것 같습니다. 

 

 

이번 ASMS의 포스트에서 새롭게 알게된 것들을 간단히 요약해보았습니다.

 

Evosep Stage-tip for Opentron  OT-2

Evosep 회사는 자사의  LC에서 사용하고 C18 catridge 시스템을  OT-2의 Module에 장착할 준비를 하고 있습니다. 이렇게 되면 OT-2 시스템에서  Protein digestion부터 clean-up까지 자동화가 가능할것같습니다. 아직 출시가 되지 않았지만 곧 상용화가 될 예정이며 관련 Script도 같이 포함되기 때문에 쉽게 사용할수 있으리라 기대합니다.

 

 

 

이번 ASMS에서는 OT-2와 유사한 크기의 장비들이 많이 보였습니다.

 

Thermo  AccelerOme

Thermo 사에서 출시된 장비인 AccelerOme입니다. Breakfast Seminar와 Hospitaility Suit에서 자세한 정보를 얻었습니다.  Thermo사에서 판매하는 각종  Proteomics Sample Prep kit와 연계하여 자동화전처리를 할수 있습니다.  특히 TMT labeling도 가능합니다. 이 장비에서 작동할수있도록  KIT들이 특별히 만들어져 있습니다.  KIT의 vial이나 Tube들이  장비안에 파이펫의 작동에 맞게 제작되었습니다.  

 

 

AccelerOme™ Automated Sample Preparation Platform (thermofisher.com)

AccelerOme™ Automated Sample Preparation Platform

 

Hamilton MicroLab Prep 

Hamilton에서 나온 장비도 Proteomics 시료 전처리에 좋은것 같습니다. 다른 큰 장비들이 있지만  MicroLab Prep 은 소형장비로서 기본적인 시료전처리하는데 좋을듯합니다.   OT-2와는 다르게 스크린에서 프로그램을 직접 클릭해서 만들수 있기 때문에 Python과 같은 지식이 없어도 됩니다.

Hamilton Microlab Prep | Small Liquid Handler | Fits In Any Lab (hamiltoncompany.com)

Hamilton Microlab Prep | Small Liquid Handler | Fits In Any Lab

 

그외에도 유사한 장비들을 것같은데 기억이 나지 않습니다.  아무튼 자동화장비들이 소형화되고 프로그램도 만들기 쉽게 되고 있는거 같습니다. 광고처럼 잘 작동할지는 두고 봐야될듯합니다.