Proteomic LC-MS/MS 용 Standards

프로테오믹스를 처음하시거나 새로운 실험을 할때 유용하게 사용할수 있는 standard들 입니다. Nano HPLC나 MS spectrometry의 감도나 성능을 체크할때 유용합니다.. 아래는 제가 주로 사용하는 것들이며 해당 시료에 대한 글도 있습니다.

 

• BSA Digestion

New England Biolabs, Inc.Supplier Diversity Partner Trypsin-digested BSA MS Standard (CAM-modified) – 500 pmol

Trypsin-digested BSA MS Standard (CAM-modified) | NEB

 

Autosampler Vial에 1pmol/µL, 10µL씩 담은후 -80C에 보관합니다. 사용하기전에 90 µL 0.1% TFA를 넣으면 100mol/µL가 됩니다. 보통 100 fmol, 즉 1µL씩 주입합니다. 요즘 장비는 감도 좋기 때문에 50 fmo µLl 혹은 10 fmol /µL로 만들어서 1µL 씩 주입해도 될듯합니다.  일관성있게 동일한 양만 사용하면 됩니다. BSA는질량분석기 분석에 적합한 tryptic peptide 가 많이 생성됩니다

 

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• Pierce™ HeLa Protein Digest Standard

Pierce™ HeLa Protein Digest Standard (thermofisher.com)

Complex한 시료의 대표적인 standard 입니다.  많은 사람들이 사용하고 있고 특히 Thermo 사의 발표자료를 보면 이 standard가 대부분 사용된것을 볼수있습니다.  BSA는 간단히 장비를 체크할때 사용하며 HeLa digest의 경우 장비의 감도를 더 정확하게 체크할때 사용합니다.

 

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• Mass Spec-Compatible Yeast and Human Protein Extracts

Mass Spec-Compatible Yeast and Human Protein Extracts | Mass Spec Standards (promega.com)

 

Pierce HeLa digestion과 동일한 목적으로 판매됩니다.   Pierce제품(HeLa)은 한 Vial당 20µg이 들어있고 Promega제품(K562)은 100µg씩 들어있습니다.  보통 장비 테스트시 한번의 주입시 100ng을 사용합니다. 그러므로 Pierce 제품의 한개의 vial로도 상당히 오래 사용할수 있습니다. 시료는 일단 용매에 녹여놓으면 좋지 않기 때문에 100 µg Promega 제품의 경우 용매를 녹인후 다 사용할때 까지 상당히 오랜 시간이 걸립니다. 용매에 녹인 상태로 오랫동안 -80C에 보관되어져야 합니다. 이러한 이유로 Digestion 시료의 경우 20 µg의 Pierce의 HeLa 를 주로 사용합니다.

 

하지만 Vial에 들어있는 펩타이를 녹일때 마다 손실이 있기 때문에  한번에 많은양이 필요할 경우 20µg vial을 여러개 사용하는것보다  Promega의 100 µg vial을 한번에 사용하는것이 좋을것 같습니다. 

 

Promega사의 Intact Extract도 아주 유용한 시료입니다.  Digestion된 시료보다는 훨씬 저렴합니다. Trypsin digestion의 efficiency를 체크할때 사용할 수 있으며 시료의 양이 많이 필요한 분석테스트에 사용합니다.  예를 들면 phosphopeptide enrichmet나 fractionation 을 테스트할때 사용합니다. 상대적으로 시료의  양이 많이 필요한 테스트에 고가의 Digestion  standard를 사용하지는 않습니다.

 

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• E.Coli Digest

Shop MassPREP E. coli Digest Standard | 186003196 | Waters

MassPREP E. coli digestion standard contains 100 µg of lyophilized E. coli cytosolic protein digest.

 

 

• Phosphopeptide Standard  Enolase Peptides

Shop MassPREP Phosphopeptide Standard Enolase | 186003285 | Waters

 

Yeast Enolase digestion에 4 개의 phosphopetide가 포함되었습니다.  Phosphopeptide standard mixture  만 있는것보다 Background  펩타이드가 있어서 간단한 enrichment나 MS-Spec 최적화할때 유용합니다.

 

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• Phosphopeptide Standard Peptides

MS PhosphoMix 1 Light Phosphopeptide Standard for MS | Sigma-Aldrich (sigmaaldrich.com)

Sigma Aldrich에서 판매하는 Phosphopeptide mixture입니다. Light 와 heavy를 따로 구매할수있습니다. 실제 시료에 spiking해서 분석할때 유용합니다.

 

 

• Intact mAb standards

Shop Intact mAb Mass Check Standard | 186006552 | Waters

Shop mAb Tryptic Digestion Standard | 186009126 | Waters

 

Intact와 digestion 형태로 된 Monoclonal Antibody 입니다.  Antibody 분석 연습에 유용합니다. Disulfide-bond나 N-linked glycopeptide 분석에도 사용합니다.

 

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• Promega 6 × 5 LC-MS/MS Peptide Reference Mix

6 x 5 LC-MS/MS Peptide Reference Mix (promega.com)

 

6개의 펩타이드이지만 각 펩타이드마다 서로 농도가 아주 다른 heavy  펩타이드가 존재합니다. 6개의 펩타이드로 LC gradient의 조건을 확인할수 있고 또한 PRM을 통해 각 펩타이드의 heavy 펩타이드의 검출감도를 확인할수 있습니다.가장 낮은 농도의 펩타이드는 잘 검출이 되지 않습니다. 

 

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• Haptoglobin from pooled human plasma

 Haptoglobin = 95 SDS-PAGE, lyophilized powder 9087-69-8 (sigmaaldrich.com)

N-linked glycopeptide와 Serine에  HexNAC이 한개가 붙은 O-linked glycopeptide  분석을 연습할때 사용합니다.

 

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• Ovalbumin

Ovalbumin (257-264) chicken 97 (HPLC) pOV8 (sigmaaldrich.com)

Human 시료에 Spike-in으로 사용할수 있습니다. Human protein과 겹치는 단백질이 없기 때문에 여러 용도에서 Spike-in 단백질로 사용할수 있습니다.

 

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To be continued