Trap-column과 Analytica column 교체시기

 

 

 

 

 

 

많은 시료를 분석하다보면 시스템에 문제가 있어서 잘 인식하지 못하는 경우가 있습니다. 혹시 발견하더라도 큰 문제가 아니라면 그냥 무시하고 지나갈때도 있습니다. 시스템의 상태가 좋지 않다고 판단할수 있는 근거는 여러가지일수 있습니다.  HPLC시스템은 크로마토그램을 통해서 쉽게 판단할수 있습니다. 질량분석기의 장비의 경우는 검출되는 단백질및 펩타이드의 수를 통해 먼저 판단할수 있습니다. 하지만 단백질과 펩타이드의 수의 감소는 질량분석기가 아닌 그 앞쪽 시스템 즉 HPLC에서의 문제일수도 있기 때문에 무작정 질량분석기를 탓할수도 없습니다.

 

 

 

이번주는 우연히 Trap-column과 Analytical column의 효율이 떨어진것을 발견하게 되었습니다.  이전 글에도 적혀있지만 trap-column의 경우 결합력이 떨어지기 시작하면 hydrophilic 한 펩타이드의 손실이 상대적으로 큽니다.

Trap-column 상태확인하는 방법 (Checking efficiency of trap-columns) (tistory.com)

 

 

Trap column

아래는 몇일전  trap-column을 교체하기전의 크로마토그램입니다. BSA 펩타이드들의 XIC를 비교하면 상대적으로 빨리 용리되는 hydrophilic 펩타이드의 감도가 상당히 많이 떨어졌습니다.  Trap-column을 교체할 시기가 된것입니다.

 

 

 

Analytical column

시스템 Suitability 체크를 위해서 50ng HeLa standard 사용합니다. 검출된 단백질과 펩타이드의 수를 통해서 장비의 상태를 확인합니다. 하지만 기존에 비해서 단백질의 수가 약간 줄어들었습니다. 보통 약간 줄어들게 되면 시료가 오래되었거나 장비의 감도가 줄어들고 있기 때문이라고 생각하기 쉽습니다.

 

이전의 크로마토그램과 비교해 보니  약간 특이한 점을 발견하였습니다. 전반적으로 유사하지만 Hydrophobic한 펩타이드의 피크의 높이가 상대적으로 많이 줄어들었습니다. 이 부분의 감소로 인해 단배질/펩타이드의 수가 감소된 듯합니다. 새로운 Analytical column을 교체한후 정상적인 크로마토그램을 얻었고 단백질/펩타이드의 수도 기존과 유사하게 검출이 되었습니다. 

 

단백질/펩타이드의 검출수가 이전에 비해서 비록 적은수가 감소하였더라도 무시하지 않고 시스템을 점검하게 되면 늘 일관성 있는 결과를 얻을수 있을듯합니다.