TMT labeling시 pH조건의 중요성

얼마전에 우연히  TMT labeling에 있어서 PH의 조건이 아주 중요하다는것을 설명해주는 논문을 읽었습니다.  Labeling 시 pH조건이 중요한것은 알고 있었지만 이렇게 실험결과로 보니 다시 한번 인지하게 되었습니다.

 

Assessment of TMT Labeling Efficiency in Large-Scale Quantitative Proteomics: The Critical Effect of Sample pH | ACS Omega  ACS Omega 2021, 6, 19, 12660–12666

 

일반적으로 TMT labeling전 시료는 clean-up을 하고  또한 반응시 basic buffer (보통 TEAB)를 사용하기  때문에  특별히 pH가 변할 이유는 없습니다. 처음 실험을 하는 사람의 경우 pH paper로 체크를 하지만 어느정도 익숙해지면 이것조차 하지 않는 경우가 있습니다.  하지만 Clean-up 과정에서 남아 있는 acid가 pH에 영향을 줄수가 있습니다.  논문에서도 동일한 basic 상태이지만 pH가 어느정도 다르면 labeling 효율이 다르다는걸 보여줍니다.

 

 

논문에서는  manual에 적힌 농도보다 훨씬 높은 농도 HEPES(200~500mM)를 사용했을시 더 좋은 결과를 낼수 있다고 말하고 있습니다. TEAB 혹은 HEPES를 사용시 평소보다 높은 농도를 사용하는것인 안전할듯합니다.