Spectronaut 16의 Extension Library Runs 사용시 중요한 팁

Spectronaut 16 으로 DIA 분석시 Extension library run 옵션은 아주 유용한 기능중 하나입니다.

 

얼마전에 SDS buffers를 이용하여 추출한 시료를 DIA로 분석후 SP16으로 분석을 하였는데 생각만큼 많은 수가 검출되지 않았습니다. 기존의 Urea 로 extraction한 시료와 별반 다르지 않았습니다. 장비의 감도가 떨어지거나 LC장비의 문제가 아닌것을 확인하였습니다.

 

생각해보니 Extension library runs을 사용할때 Urea로 extraction하여 얻은 DIA와 DDA raw파일을 이용하였습니다.  이전 DDA실험에서 SDS 를 사용했을때 Urea에서 검출되지  않았던 많은 단백질과 펩타이드가 검출이 되었습니다.

 

즉 SDS 시료에서 얻은 DIA 결과에서 많은 단백질과 펩타이드가 검출이 되었지만 Urea 시료에서는 존재하지 않기 때문에 특별히 효과가 없었던것 같습니다

 

아래와 같이 동일한 SDS 시료의 DIA 실험결과를 이용하여 SDS와 Urea에서 얻은 DDA 와 DIA raw  파일들을 각각 Extension Library runs으로 사용하였습니다.

 

예상대로 SDS에서 추가적으로 많은 단백질과 펩타이드가 검출이 되었습니다. 같은 종류의 시료이지만 단백질 추출방법에  따라 단백질의 종류가 약간씩 차이가 있습니다.  그러므로 Extension Library Runs시 최대한 동일한것으로 사용하는것이 좋을것 같습니다.

 

 

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