Protein Extraction을 위한 Buffer 선택

LC와 질량분석기의 성능이 아주 빠르게 발전하고 있지만 시료전처리부분은 아직까지도 표준화된 방법이 없는 것 같습니다. 최근까지도 시료전처에 대한 비교 논문이  나오고 있다는것이 하나의 예가 될듯합니다. 많은 방법이 있지만 각자 실험실에서 익숙한 재료를 이용하는 경향이 있는것 같습니다. 사실 실험실에서 늘 해왔던 방식을 바꾸기는 쉽지 않을것입니다.  

 

최근에는  S-trap 으로 인해 SDS로 단백질을 추출하여 분석하는데 큰 어려움이 없습니다. 하지만  Kit를 사용하는것이 불편한 사람들은 그냥 기존에 사용하던 Buffer 를 사용하는것 같습니다.

 

개인적으로 단백질 추출시UREA와 TFE(Tetrafluoroethylene)를 혼합한 Buffer를 사용했습니다.  특별히 실험결과에 문제점이 없었습니다.  하지만 새로운 장비도 설치되었으니 조금더 좋은 조건이 있을까 해서 테스트를 해보았습니다. 동일한 양의 Mouse liver Tissue를 사용하여 Urea/TEF, SDS, SDC, 그리고 최근에 특정회사에서 출시한 제품을 사용해보았습니다.

 

 

 

 

아래는 각각의 Buffer로 추출한 시료를 분석한후 얻어진  단백질과 펩타이드 수입니다. 검출된 단백질의 수에는 큰 차이가 없지만 펩타이드에서는 SDS에서 훨등히 많은 수가 검출되었습니다.  물론 각각 Buffers에서 최적의 조건을 사용한것이 아닐수도 있습니다.  그러나 S-trap을 사용하는 것이 번거로운점이 있으나 그래도 이 정도의 차이가 난다면 그 불편함은 갈수 할수 있을듯합니다.