INFERYS를 이용한 Spectra-library 생성과 MSPep search

INFERYS를 이용하여 Spectra-library를 만들수 있습니다. 만들어진 Spectra-library는 Proteome Discoverer의 MSPep Search node를 통해 사용할수 있습니다.

 

Creation of a Predicted Spectra Library

PD에서 INFERYS 심볼이 보입니다. Predict를 누르고  원하는  FASTA file과 관련 정보를 입력합니다. IMFERYS는 펩타이드의 길이에 제한이 있습니다. 보통 7~30사이를 설정합니다. Start를 누르면 생성이 시작됩니다. 상당한 시간이 소요됩니다. 

 

 

생성이 끝난후 아래 아이콘을 클릭하면 생성된 Spectra-library를 볼수 있습니다.

 

 

Workflow에서 MSPep search를 불러온후 클릭하여 생성된 Spectra-library를 선택하면 됩니다,.

 

 

 

아래와 같이 MSPep Search를 통해 추가적인 단백질/펩타이를 검출할수 있는지 비교해보았습니다.

아래는 검출된 단백질과 펩타이드 수입니다. 놀랍게도 Sequest+INFERYS를 사용했을때보다 MSPep search에서 조금더 많은 단백질과 펩타이드가 검출되었습니다. 두개를 동시에 사용하면 펩타이드의 수가 조금더 증가됩니다. 두개를 사용하게 되면 검색시간이 늘어납니다. 그에 비해서는 추가로 검출되는 수는 많이 않은것 같습니다.