Phosphopeptide-enriched TMT samples은 MS3 혹은 MS3+RTS가 필요할까?

몇몇 논문에서 MS3 방법을 이용하여 Phosphopeptide 분석을 한것을 본것 같습니다. 

 

Ratio-suppression 문제는 시료가 아무 복잡할때 발생합니다. 그렇다면 Phosphopeptide만을 선택으로 회수한 TMT 시료에도 MS3 방법을 사용하는것이 좋을까요?   짧은 생각으로는 필요가 없지 않을까 생각합니다. 하지만 MS3를 사용하면 더 좋은 결과를 가질수 있을까? 아니면 MS3 단계로 인해 오히려 검출수가 떨어지지 않을까 하는 생각도 있습니다.

사실 이것을 확인하기 위해서 테스트를 해보고 싶긴합니다. 하지만  결론을 내기 위해서는 상당한 양의 시료가 있어야 되는데  Phosphopeptide enrichment 된 TMT시료를 많이 확보하는것이 쉽지 않습니다.

 

 

오늘 Steven Gigy 교수님의  TMT  관련된 Webinar가 있었습니다. 질문시간에 이 부분에 대해서 질문을 했었는데  답변은 “아마 필요없을것 같다”였습니다. 직접 교수님께 들었으니 특별히 제가 테스트를 해볼 이유는 없는것 같습니다. 질문하나로  필요없는 실험을 하지 않아도 되었습니다.

 

Nature Research (workcast.com)