FAIMS를 이용한 DIA 결과를 Spectronaut 16으로 검색시 FAIMS의 Gas-Phase Fractionation DDA 결과를 Extension Library Run으로 사용하고 있습니다. 한개의 시료를 동일한 조건이지만 서로 다른 CV값을 각각 분석하여 얻은 결과입니다. 이를 통해 DIA 결과에서 단백질과 펩타이드의 수를 상당히 향상시킬 수 있습니다. 이 분석법은 Direct DIA 분석법의 효율을 최대화 하기 위합니다. 기존의 분획후 DDA 분석으로 얻어진 Spectra-library를 사용하지 않습니다.
hpRP DDV vs Gas-Phase Fractionation DDA
하지만 혹시나 Extension Library Run에서 분획후 얻어진 DDA 결과를 사용하면 어떤 결과가 있을지 확인해보았습니다.
시료를 C18 Spin 컬럼을 이용하여 hPRP로 분획한뒤 DDA로 분석하여 결과를 얻었습니다. 이 결과를 Extension Library run으로 사용하였습니다. 그리고 비교를 위해서 기존에 가지고 있던 Gas-Phase Fractionation 결과를 Extension library run으로 사용하였습니다. 5번의 DIA 결과를 각각의 두 개의 방법으로 분석하였습니다.
검출된 단백질과 펩타이드 수를 비교해보니 Gas-Phase Fractionation를 사용했을 때 더 많이 검출되었습니다. 두 방법이 동일한 시기에 수행하지 않아서 정확하지는 않지만 hpRP 분획한 결과를 이용한 것에서 그다지 좋은 점을 찾지 못하였습니다. 또한 GPF 방법이 hpRP 방법보다는 훨씬 더 쉽고 간단합니다.
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