많은 양이 단백질을 digestion후 clean-up을 할 때 적절한 C18 clean-up cartridge를 선택해야 됩니다. 특히 중요한 시료일 경우 시료의 손실을 최소화해야 합니다. 하지만 clean-up 과정에서 얼마나 손실이 되는지 알 수는 없습니다.
얼마전 4mg정도의 시료를 TMT11으로 처리한 시료를 clean-up을 하였습니다. 개인적으로 4mg정도의 시료의 경우 Sep-Pak C18, 500mg Sorbet Cartridge를 사용합니다.
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Clean-up과정에서 얻어진 Flow-through와 Elution 을 각각 분석해보았는데 Flow-through에서는 펩타이드가 거의 검출이 되지 않았습니다.
시료 Loading과정에서 대부분의 펩타이드가 C18에 결합되는 것 같습니다. 물론 Non-specific하게 결합한후 아예 용리되지 않아서 손실이 될 수는 있지만 일단 loading과정에서 결합하지 않고 손실되는 경우는 없는 것 같습니다.
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