AttractSPE Disk Bio C18 를 이용한 펩타이드 정제 (Peptide clean-up)

AttractSPE Disk Bio C18 

작년에 Affinisep 회사(www.affinisep.com/)에서 테스트용으로 AttractSPE Disk Bio C18 를 받았습니다. Pre-packed C18 tip 은 상대적으로 비싸기 때문에 C18 disk 로 self-pack으로  사용하는것이 비용면에서 훨씬 좋습니다.  기존에는 3M사의 C18 Disk를 사용해 왔습니다. 만약 효율이 나쁘지 않고 가격이 더 저렴하다면 3M 사의 제품을 대체할수 있으리라 생각했습니다.  이를 위해  간단히 Efficiency를 체크해보았습니다.     아래는 샘플로 받은 C18 disk이며 적절한 크기로 절단해서 파이펫 팁에 충진해서 사용하면 됩니다. 

 

 

아래는 구멍을 만드는 툴(직접만들었음)이며 실제 충진한 팁 사진입니다. 

많은 양의 시료는 상용화된 컬럼을 사용합니다. 그러므로 C18 disk는 소량의 시료를 전처리 할때만 사용합니다. 일반적으로 사용하는 양인 5 µg 과 10 µg 펩타이드를 사용하였습니다. HeLa digest를 사용하였고 C18 disk에서 3번 구멍을 뚫어서 충진했습니다.    컬럼 테스트에서 중요한것은 1) Loading과 washing 과정에서 펩타이드가 용리되지 않고 컬럼에 결합되는것과 2) 용리시 재현성 있게 용리되는것 입니다.

 

이를 위해서 5 µg 과 10 µg 을 각각 두번씩 컬럼에 적용한후 Loading/washing fraction (Flow-through, FT)와 Elution fraction을 각각 모아서 질량분석기로 측정하였습니다. Flow-through는 모든 양을 다 주입하였고 Elution은 용리된 펩타이드중 각각 1 µg이 주입되도록 하였습니다. 

 

 

아래는 각각의 분석에서 얻어진 크로마토그램입니다. Flow-through fraction 에서는 거의 펩타이드가 검출이 되지 않았으며 Elution에서는 재현성 있게 펩타이드가 검출되었습니다.

 

 

얻어진 raw  파일을 Database로 검색했을시 Flow-through에서는 펩타이드가 전혀 검출되지 않았습니다. Elution에서는 아래와 같은 수의 펩타이드가 검출되었습니다. 대략 6000개 전후로 유사한 수의 펩타이드가 검출되었습니다. AttractSPE Disk Bio C18 을 적용하지 않은 시료와 비교했을때 거의 유사한 숫자입니다. 즉 시료의 손실이 거의 없다는것을 알수 있습니다

샘플로 받은 제품으로 테스트를 해보았는데 전반적으로 만족합니다.  차후에 가격을 확인해서 구매여부를 결정해야 될것 같습니다.