OTOT 와 OTIT DDA에서의 CHIMERYS의 효과

일반적으로  복잡한 시료의DDA분석에서 한개의 MS2 스펙트럼에는 한 개 이상의 펩타이드의 fragment ions이 들어가 있습니다.  하지만 기존의 Database 검색에서는 섞여 있는 MS2 스펙트럼 중에 가장 Major한것만을 찾아내는 경향이 있습니다.

 

CHIMERYS는 이러한 섞여 있는  MS2 스펙트럼에서 각각의 펩타이드를 찾아낼 수  있는 능력이 있습니다.  

100ngHeLa를  1.6Da isolation OTOT와 OTIT에서 얻어진 결과를 SEQUEST와 CHIMERYS로 각각 분석했을 때 얼마만큼의 단백질과 펩타이드의 수가 증가되는지 확인해보았습니다. 1.6 Da isolation은 보통 DDA에서 분석할때 사용하고 있습니다.

 

 

이론적으로 CHIMERY는 OTOT 분석에 최적화 되어 있습니다. MS2 스펙트럼이 더 복잡해 질 수록 효과가 더 증대됩니다. 이러한 이유로 LC-MS/MS 부분에서 wide isolation을 사용하여 최대한 많은 펩타이드를 fragmentation 시킨후 CHIMERYS로 검출합니다. 그러기 위해서는 high-resolution MS2  (OTOT)스펙트럼이 필요합니다.

 

 

OTOT 와 OTIT에서 Sequest HT와 CHIMERY 단백질과 펩타이드 검출수 비교

아래 그래프에서 보듯이  일단 standard 방법 (1.6 Da)에서는 OTOT 나 OTIT에서 CHIMERYS를 통해 검출 수는 상당히 증가되었지만 특별히 OTOT에서 더 확연히 증가되지는 않은 것 같습니다.

 

 

 

서로 다른 Isolation Window 에서의 실험이 필요한 것 같습니다. 하지만 OTIT의 감도가 훨씬 더 좋기때문에 DDA의 경우 굳이 OTOT로 분석을 해야 할 필요가 있는지 모르겠습니다.

 

OTOT 와 OTIT에서 Sequest HT와 CHIMERYS의 Peptide/PSM 비교

 

 

아래 그래프로  CHIMERYS에서 더 많은 펩타이드가 검출되는 이유를 설명할 수 있습니다. 동일한 raw 파일을 사용하였지만 CHIMERYS에서 스펙트럼당 더 많은 펩타이드가 검출이 되었습니다.

 

 

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