100pgHeLa 에서 1000 단백질 검출

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Direct injection mode 로 1ng HeLa로 2000개 단백질 검출하기 (tistory.com)

Direct injection mode 로 1ng HeLa로 2000개 단백질 검출하기

 

요즘 하도 Single-cell proteomics라는 말을 해서 그런지 1ng보다 적은 양으로 분석을 해보았습니다. 얼마전에 엔지니어분이 장비를 검점하고 calibration을 한 직후라 장비상태가 나쁘지 않을 때 분석을 했습니다.

 

HeLa standard를 100pg/uL로 만든 후 1ngHeLa 분석에서 사용했던   Method를  그대로 사용하였습니다.  60min 과 120min LC gradient로 각각 분석하였습니다.

 

 

 

 

 

60min LG gradient에서 얻어진 크로마토그램입니다.  FAIMS로 인해 S/N가 아주 높게 잘 나왔습니다. 

 

아래는 검출된 단백질과 펩타이드 수입니다.  60min LC gradient에서 1000개정도의 단백질이 검출이 되었습니다.  120min LC gradient에서 검출 수는 약간 줄어들었습니다. 극미량의 단백질의 경우 긴 LC gradient가 크게 효과가 없는 것 같습니다.

 

 

아래 그래프에서 보듯이 많은 단백질이 1개의 펩타이드로 검출이 되었습니다. 이렇게 많은 단백질이 1개의 펩타이드로 검출이 되면 정량분석에 재현성/정확성은 매우 떨어 질것 같습니다.단백질의 검출수를 줄이더라도 보다 정량성이 높은 방법으로 해야 되지 않을까 생각합니다.