Low-Resolution MS2 스펙트럼에 대한 CHIMERYS의 MS2 tolerance

CHIMERYS는 여러 개의 peptide가 혼합 되어있는 MS2에서 각각의 펩타이드를 찾아낼 수 있습니다. 그러므로 High-resolution MS2 스펙트럼을 사용할 때 효과가 극대화됩니다. 복잡한 MS2 스펙트럼에서 정확히 각각 펩타이드에 해당하는 피크들을 잘 구별해낼수 있기 때문입니다. 하지만  Low-resolution MS2의 경우는 이것이 불가능합니다.  검색시  low-resolution의 경우 대략 0.5 Da정도의 tolerance를 사용하기 때문에 명확히 구별해 낼 수가 없습니다. Tolerance를 조금더 낮추면 효과가 있을까요? 오히려 검출되는 수가 줄어들지느 않을까요?

 

 

개인적으로 SEQEST를 이용한 검색에서는 보통 0.6Da를 사용합니다. 이유는 잘 모르겠지만 이전에 이 값이 가장 적절하였었다고 기억납니다. 그 이후로 특별히 수정하지 않고 계속 사용해왔습니다.

 

CHIMERY 검색 시 Low-resolution MS2에 대한 tolerance를 줄이면 단백질 및 펩타이드의 수가 증가될수 있을까요?

 

 

 

100ngHeLa에 대한 OTIT의 결과를 이용하여 MS2의 Tolerance 를 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.6 Da에서  CHIMERYS와 Sequest에서 검색한 결과입니다.  CHIMERY의 경우 0.3Da 이후 큰 차이는 없지만 그래도 0.4Da와 0.5Da사이에서 약간 더 많이 검출이 되었습니다,.

 

 

Sequest의 경우 Tolerance에 따라 검출되는 단백질과 펩타이드의 수가 상당히 차이가 납니다. 펩타이드의 경우 0.6 Da에서 가장 많이 검출이 되었습니다.

 

특별히 tolerance를 조절한다고 해서 더 좋아지는 것은 없는 것 같습니다.

 

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