프로테오믹스(단백체학)361 Thermo µPAC Neo Column (50cm) 이전의 uPAC컬럼은 개인적으로 테스트를 해본 결과 광고한것 만큼 좋은 결과를 얻지 못했습니다 이전글에도 자세한 내용이 있지만 컬럼이후의 연결선이 너무 많아서 설치에 불편함이 많았습니다. 그리고 잘 연결하지 못하면 void volume으로 인해 peak모양이 엄청 넒어지는 단점이 있었습니다. Pharmafluidics 사의 µPACᵀᴹ 컬럼 사용후기 (tistory.com) Pharmafluidics 사의 µPACᵀᴹ 컬럼 사용후기 최근 Pharmafluidics사에서 출시된 µPACᵀᴹ컬럼이 논문에서 종종 등장합니다. Nano column을 사용하는데 있어서 가장 큰 단점은 아마 쉽게 막히거나 Retention time의 재현성이 상대적으로 낮다는것입니다 proteomicstechnology.tisto.. 2023. 6. 12. Spectronaut 18 HUPO나 ASMS 학회기간에 업그레이드된 장비나 프로그램들이 소개됩니다. Spectronaut 17 업그레이드 (tistory.com) Spectronaut 17 업그레이드 Biognosys사의 Spectronaut는 이번 2020 HUPO기간에 17버젼으로 업그레이드가 되었습니다. 15에서 16버젼으로 업그레이드될 때 Library Extension Runs의 기능이 추가되어 검출 수에서 엄청난 증가를 보여주었습 proteomicstechnology.tistory.com Biognosys Spectronaut 16 출시 (40% 펩타이드 수 증가?) (tistory.com) Biognosys Spectronaut 16 출시 (40% 펩타이드 수 증가?) 이번 70th ASMS에서 Biognosys 사.. 2023. 6. 7. Astral vs TimsTOF ultra Orbitrap이 절대 강자를 지키던 때가 있었는데 Bruker 의 TimsTOF이 상당히 많은 market을 차지 하고 있습니다. 주위에서만 봐도 TimsTOF 을 설치하는곳이 상당히 많아 졌습니다. 그러나 가만히 있을 Thermo가 아니겠지요. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.03.543570v1 Evaluating the performance of the Astral mass analyzer for quantitative proteomics using data independent acquisition We evaluate the quantitative performance of the newly released Asymmetric Track L.. 2023. 6. 5. Exploris 480 설치후 테스트 (4)- FAIMS DIA Exploris480 에서 FAIMS를 장착한후 isolation window에 따른 DIA 결과입니다. 이전글에 FAIMS가 장착하지 않았을때의 DIA 분석에 대한 테스트결과가 있습니다. Exploris 480 설치후 테스트 (2) (tistory.com) FAIMS 가 장착되면 검출수는 증가하겠지만 정량분석에 적합한 Data point수를 확보하는것이 중요합니다. 아래 결과는 Isolation widown에 따른 단백질 및 펩타이드의 수 와 Data point 수를 보여줍니다. 100ng HeLa standard with 60min DIA (two CVs)단백질수에는 큰 변화가 없지만 Isolation window가 커질수로 펩타이드의 수는 감소됩니다. 하지만 반대로 data point수는 증가합니다.. 2023. 6. 2. Exploris 480 설치후 테스트 (2)-noFAIMS DIA 아무래도 가장 관심있는 분석법이 DIA입니다. Orbitrap Eclipse에서는 FAIMS를 장착하면 검출수가 상당히 증가되었습니다. Exploris 480에서는 어떤 경향을 보이는지 확인이 필요합니다. 먼저 FAIMS가 없는 상태에서 몇가지 실험을 하였습니다. 100ng HeLa standard를 이용하여 다양한 isolation window에서 분석을 하였습니다. 검출수와 더불어 data point 수를 확인하기 위함입니다. 아래는 60min와 120min LC gradient에서 각각 얻어진 결과입니다. 60min LC gradient에서 단백질/펩타이드 수 및 data point수 비교 120 min LC gradient에서 단백질/펩타이드 수 및 data point수 비교 Isolation w.. 2023. 5. 29. Exploris 480 설치후 테스트 (1) Exploris480의 성능 테스트는 짧은 시간에 끝난것 같습니다. Orbitrap Eclipse에서 여러가지 application에 대한 테스트를 하였기 때문 입니다. 일단 FAIMS를 장착하지 않은 상태에서 가장 기본적인 DDA 실험결과입니다. 특별히 조절할 파라미터는 없으면 MS2 resolution에 따라 검출수의 변화를 보았습니다. 아래와 같이 3가지의 MS2 resolution에서 1.5K에서 가장 많이 검출됩니다. 즉 기본적인 DDA 분석에서는 MS2 resolution을 1.5K 설정하면 될것같습니다. 물론 양이 아주 적거나 많은 경우 파마미터가 달라져야 겠지요. 하지만 양이 매우 적을 경우 Orbitrap Eclipse의 ion trap으로 분석하면 됩니다. 2023. 5. 29. 이전 1 ··· 6 7 8 9 10 11 12 ··· 61 다음
