프로테오믹스(단백체학)361 C.elegans and Mouse Brain Phosphopeptides (over 26,000 phosphopeptides) 크리스마스 전부터 여기는 이미 장기간 연휴에 돌입했습니다. 연구원들에게도 크리스마스전부터 연말까지는 될수 있으면 실험은 하지말고 밀린 자료들등을 정리하는 시간을 갖자고 했습니다.. 하지만 장비가 노는 꼴을 잘 못보는 타입이라 긴 여유동안 Phosphopeptide 분석을 했습니다. 내년에 Global Phosphproteome Quantitation 분석을 제공할 예정입니다. Mouse Brain과 C.elegans에서 Phopshopeptide를 Enrichment한뒤 FAIMS의 서로 다른 CV값에서 DDA로 분석하였습니다. 30V에서 80CV까지 11개의 서로 다른 값으로 분석하였습니다. 그리고 남는 시료는 FAIMS로 DIA를 분석하였습니다. DDA의 경우 최근에 설치한 Proteome Disco.. 2023. 12. 29. Intact Protein PRM Analysis (Top-down) 이미 알고 있는 단백질을 분석할 경우 좋은 MS2 스펙트럼을 얻기 위해서 PRM을 수행할수 있습니다. 정제된 단백질의 경우 PRM 통해 재확인이 가능합니다. 이렇게 얻은 좋은 MS2 스펙트럼으로 검색이 가능하다면 단백질 검증에 도움이 될수 있습니다. Pierce Intact Protein standard 에서 약 21kDa의 Protein G를 선택적을 분석해보았습니다. 아래는 Protein G의 MS1 Spectrum입니다. Peak들중에서 m/z 975.6356 (z=22)을 선택하여 PRM을 수행합니다. PRM 셋팅은 Bottom-up방법과 동일합니다. 아래는 BPC와 XIC에 해당하는 크로마토그램입니다. 아래와 같이 PRM을 통해서 좋은 MS2 스펙트럼을 얻었습니다. Proteome Discove.. 2023. 11. 13. Top-down으로 분자량이 적은 단백질 분석하기, Ubiquitin(~8.5kDa) 분자량이 아주 작은 단백질의 경우 Top-down 방식으로 분석이 아주 잘되는것 같습니다. 8kDa 조금 넘은 Ubiquitin의 경우 앞의 글에서 적은 방식으로 분석했을때 아주 높은 Sequence Coverage로 검출이 됩니다. Ubiquitin from bovine erythrocytes BioUltra (sigmaaldrich.com) 아래는 Obitrap Eclipse의 intact protein mode에서 EThCD로 분석한 결과입니다. Top-down 용 EasySpray column(ES907)을 이용시 약 20ng의 Uqiuitin이 사용되었습니다. PD3.1과 ProSight4.3으로 검색후 얻어진 Sequence Coverge map입니다. EThcD로 얻어진 MS2 matchin.. 2023. 11. 12. Top-Down Proteomics Top-down proteomics 를 시작해볼까 구상중입니다. Bottom-up Proteomics처럼 Complex 시료는 분석할수 없겠지만 몇개의 정제된 단백질의 경우 Top-Down Proteomics로 분석할수 있을듯합니다. 연구소에서도 요청이 들어오고 있습니다. 10월에 시카고에서 열렸던 Top-Down Proteomics Workshop을 다녀온후 조금씩 시도를 해보고 있습니다. 아래 프로토콜 처음시작하는 사람들에게 아주 좋은것 같습니다. Self-packing PLRP-S Column and NRTDP Standards 프로토콜에 나온 PLRP-S resin Agilent에서 구매한후 Self-packing 컬럼을 만들었습니다. Standard 시료도 논문에 있는것과 같이 준비하였습니다. .. 2023. 10. 28. Proteome Discoverer 3.1 and CHIMERYS 2.0 (Phosphopeptides) 이번에 Proteome Discoverer(PD)3.1과 CHIMERYS 2.0이 같이 출시가 되었습니다. PD의 경우 3.0과 3.1을 비교하면 아직까지 특별히 큰 차이점은 없는것 같습니다. 하지만 CHIMERYS 2.0이 PD 3.1과 연동되어 좋은 성능을 보입니다. CHIMERYS 1.0에서는 PTM 옵션이 제한적이 었습니다. 하지만 CHIMERYS 2.0에서는 phosphorylation ( S,T,Y)분석이 가능합니다. 동일한 한개의 파일을 이용해서 PD3.0과 PD3.1로 분석한 Phosphopeptide 분석 결과입니다. 기존의 비해서 약 50%가 증가하였습니다. 2023. 10. 14. 110 cm µPAC Neo Column 저번의 Low Load µPAC Neo Column을 테스트한후 이번에는 110 cm µPAC Neo Column 을 테스트해보았습니다. 현재 사용하는 있는 컬럼은 CoAnn Technology사의 pre-packed column입니다 (1.7 µm C18, 75 µ m x 20cm). 아주 만족하고 사용하고 있지만 분석방법을 더 향상 시킬수 있는 방법이 없나 생각중에 있습니다. 1.7 µm C18임으로 시스템에 압력이 상당히 많이 걸립니다. 그래서 컬럼이 길이를 더 길게 할수는 없습니다. 물론 가능하겠지만 장비에 큰 압력이 가해진 상태로 오랜 실험을 하는것이 좋은 생각은 아닌것 같습니다. 또한 1.7 µm C18이라서 지저분한 시료를 많이 주입하면 컬럼이 쉽게 막혀버립니다. 아주 많은 시료를 정량분석을.. 2023. 10. 2. 이전 1 ··· 3 4 5 6 7 8 9 ··· 61 다음
