'프로테오믹스(단백체학)' 카테고리의 글 목록 (3 Page)
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프로테오믹스(단백체학)348

Orbitrap Astral $999,500.00 아주 좋은 가격에 나왔네요. Exploris 480 가격과 차이가 거의 없습니다. 어서 주문하세요!! 아마 직원이 숫자하나를 빼먹은듯하네요 :) 2024. 2. 27.
PreOmics Plasma and Serum Enrichment Kit (Enrich-iST)-Human 한국에 있을띠 Plasma 을 이용한 실험을 꽤 오랫동안 했었습니다. Human Plasma Proteome Project에도 참여하기도 하였습니다. 이전에 Agilent 의 MARS 컬럼도 저희 팀에 Prototype 을 사용하여 본사측에 데이타를 주곤했습니다. 오랫동안 Antibody를 이용한 high abundant depletion이 상당히 유행했지만 어느순간 잘 사용하지 않습니다. 많은 문제점들이 발견되었기 때문이지요. 최근에는 Antibody가 아닌 방법으로 Enrichment 하는 기술들이 소개되고 있습니다.. 또한 질량분석기의 감도가 발전하면서 High-abundant proteins이 존재하더라도 많은 low abundant protein을 검출할수있습니다. 차후 Plasma 연구를 위한.. 2024. 2. 26.
9K protein Quantitation of Human iPSC Cells with a single DIA shot Single Shot DIA로 Human iPSC에서 약 9,000개 이상의 단백질을 정량분석하였습니다. 최근 2년동안 분석한 시료에서 가장 많은 숫자가 검출이 된것 같습니다. Orbitrap Eclipse FAIMS Vanquish NeO CoAnn Column (1.7um, 20cm) 2024. 2. 18.
EasyPep™ MS Sample Prep Kits로 1E3~1E6 Cells Analysis 현재 여기서 일하는곳의 좋은 점은 분석에 대한 범위를 우리가 정할수 있다는것입니다. 그렇지 않으면 다양한 분석에 대해 일일히 분석조건을 맞추어야 합니다. Cell lysates 의 경우 Thermo Fisher사의 Thermo Scientific™ EasyPep™ MS Sample Prep Kits 를 사용합니다. 그리고 안전한 시료의 양이 1E6 cells 이상만을 요청합니다. 실제로 2ug정도 밖에 주입을 하지 않지만 충분한 수의 세포를 사용하게 되면 모든 과정이 순조롭습니다. 적화된 전처리 방법을 루틴하게 사용할수 있도록 고정된 시료의 양을 요청하는것이 저희 입장에서는 좋습니다. 하지만 부득이 시료의 양이 적을때를 위해서 몇가지를 테스트 해보았습니다. 서로 다른 HEK293 cell 수 (1E6, .. 2024. 2. 4.
C.elegans Phosphopeptide Analysis with FAIMS/GL-Science TiO2 beads/PD3.1+CHIMERYS 많은 논문에서 많은 수의 Phosphopeptide를 검출한 실험을 보면 신기하였습니다. Enrichment하는 방법이 특별히 어려운것이 없었기 때문입니다. 하지만 직접실험을 하면 그 만큼의 숫자를 볼수 없었습니다. 이제는 질량분석기의 감도와 더불어 검색툴이 좋아져서 일반사람들도 (?) 많은 수의 Phosphopeptide 를 검출할수 있습니다 앞의 실험에서는 최근의 많이 사용되고 있는 ReSyn Biosciences 사의 Ti-IMAC Magnetic beads 를 사용하였습니다.C.elegans and Mouse Brain Phosphopeptides (over 26,000 phosphopeptides) (tistory.com) 더 많은 phosphopeptide spectra를 얻기위해서 다른 Ch.. 2024. 1. 2.
C.elegans and Mouse Brain Phosphopeptides (over 26,000 phosphopeptides) 크리스마스 전부터 여기는 이미 장기간 연휴에 돌입했습니다. 연구원들에게도 크리스마스전부터 연말까지는 될수 있으면 실험은 하지말고 밀린 자료들등을 정리하는 시간을 갖자고 했습니다.. 하지만 장비가 노는 꼴을 잘 못보는 타입이라 긴 여유동안 Phosphopeptide 분석을 했습니다. 내년에 Global Phosphproteome Quantitation 분석을 제공할 예정입니다. Mouse Brain과 C.elegans에서 Phopshopeptide를 Enrichment한뒤 FAIMS의 서로 다른 CV값에서 DDA로 분석하였습니다. 30V에서 80CV까지 11개의 서로 다른 값으로 분석하였습니다. 그리고 남는 시료는 FAIMS로 DIA를 분석하였습니다. DDA의 경우 최근에 설치한 Proteome Disco.. 2023. 12. 29.