프로테오믹스(단백체학)361 TMT MS3-RTS, Close-out Option TMT MS3-RTS(Real Time Search)에는 Close-out 옵션이 있습니다. 분석중에 데이타베이스검색이 이루어지는 RTS에서 한개의 단백질당 검출하고자 하는 펩타이드의 수를 제한 할수 있습니다. 이 기능을 이용하면 농도가 높은 단백질에 해당하는 많은 펩타이드의 검출을 제한하는 대신 농도가 낮은 단백질의 펩타이드의 검출 가능성을 높일수 있습니다. 보통 단백질 정량분석에 있어서 펩타이드수가 많을 수록 좋습니다. 하지만 일정 수 이상이 되면 그 효과는 별로 없습니다. 하지만 많은 양으로 존재하는 단백질의 펩타이드를 분석하는 동안 양이 적은 단백질을 검출할수 있는 기회를 놓치게 됩니다. 이러한 이유로 Close-out은 MS3를 수행하는 펩타이드의 수를 제한 할수있습니다. 몇 개의 펩타이드 .. 2024. 5. 19. Proton Transfer Charge Reduction (PTCR): Top-Down 저희 Orbitrap Eclipse장비에 PTCR 옵션이 있습니다. 제가 들어오기전 연구소에서 장비를 구매했는데 아마 판매하는 사람이 그냥 있으면 좋다고 해서 옵션으로 넣었던것 같습니다. 2년동안 사용하고 있지 않다가 최근에 Top-down 분석법을 만들고 있는터라 한번 해보았습니다. 관련 논문이나 자료에서는 충분한 정보를 얻지 못했습니다. 몇개의 논문이 있긴 한데 논문의 내용으로는 Method를 정확히 만들수 없었습니다. 대부분의 내용은 Infusion으로 분석한 결과들이 대부분입니다 업체 담당자와 미팅을 하고 조언을 받았지만 결국 그 사람도 잘 알지 못하였습니다. 다시 조금더 경험이 많은 분들과 미팅을 하면서 자세한 조언을 얻을수 있었습니다. 제약사가 아닌 일반 bottom-up proteo.. 2024. 5. 9. 1ngHeLa with 50 umID column-4800 proteins (DIA) 앞에 글에서 50µm ID 컬럼의 성능을 비교하는 내용이 있습니다. 50 µm vs 75 µm ID 컬럼 50 µm vs 75 µm ID 컬럼 최근 2년동안 일반적인 실험법은 대부분 최적화를 했습니다. 물론 조금더 향상을 시킬수 있지만 노력에 비해서 얻는것이 적을듯 합니다. 아마 새로운 장비를 구매하는 않는한 이제는 특별히 최 proteomicstechnology.tistory.com 내경이 작은 컬럼은 시료가 극미량일때 유용하지 않을까 생각합니다. 그래서 이번에는 1ng HeLa 시료를 이용하여 비교해보았습니다. 이전글에 low-load µPAC column을 이용하여 1ng Hela에서 좋은 결과를 얻은 글이 있습니다. Low Load µPAC Neo Column, 3,300 proteins with.. 2024. 4. 15. 50 µm vs 75 µm ID 컬럼 최근 2년동안 일반적인 실험법은 대부분 최적화를 했습니다. 물론 조금더 향상을 시킬수 있지만 노력에 비해서 얻는것이 적을듯 합니다. 아마 새로운 장비를 구매하는 않는한 이제는 특별히 최적화할 부분이 많이 없는것 같습니다. 그래서 최근에 컬럼의 내경이 작은것으로 테스트해보았습니다. 현재 사용하고 있는 CoAnn Technology사의 컬럼중 50 µ m 내경의 컬럼을 구매했습니다. HEB05002001718IWF - CoAnn Technologies 사실 내경이 적은 컬럼은 분리능이 좋지만 지속적으로 사용하는데는 어려움이 있습니다. 압력도 높고 막힘현상도 더 자주 일어납니다. 특히 Vanquish Neo시스템에서 Direct Injection mode에서는 추가적인 시간이 많이 소요됩니다. 컬럼의 압력이 .. 2024. 4. 12. Battle Human vs OT-2 Digestion Opentros의 OT-2를 셋팅중에 있습니다. 자동화 장치에 대해서는 별로 좋은 기억이 없어서 큰 기대를 하고 있지는 않습니다. 사실 적은 수의 시료의 경우 사람의 손이 더 빠르고 정확할수 있습니다. 자동화장치는 셋팅하는것도 번거롭고 언제 에러가 생길지 알수 없습니다. 그래도 최근에서 기술력이 좋아져서 기대를 하고 있습니다. 연구소에 왔을때 사용하고 있지 않는 두 대의 OT-2중 한개를 받았습니다. Python 기반으로 프로그램을 만들어야 하는 번거로움때문에 사용하고 있지 않았습니다. 그리고 각 실험마다 자세한 프로그램 셋팅이 필요하기 때문에, 수작업에 익숙한 사람들에게는 그다지 매력적이지 않았습니다. 아무튼 차후 프로테오믹스 실험에 적용해보기 위해서 간단한 실험부터 시작했습니다. 현재 cell ext.. 2024. 4. 9. Proteome Discoverer Workshop : Data processing with CHIMERYS search engine PD+CHIMERYS Worskhop 2024. 3. 27. 이전 1 2 3 4 5 6 ··· 61 다음
