Intact Protein PRM Analysis (Top-down)

이미 알고 있는 단백질을 분석할 경우 좋은 MS2 스펙트럼을 얻기 위해서 PRM을 수행할수 있습니다. 정제된 단백질의 경우 PRM 통해 재확인이 가능합니다. 이렇게 얻은 좋은 MS2  스펙트럼으로 검색이 가능하다면 단백질 검증에 도움이 될수 있습니다.

 

Pierce Intact Protein standard 에서 약 21kDa의 Protein G를 선택적을 분석해보았습니다. 아래는 Protein G의 MS1 Spectrum입니다. Peak들중에서  m/z 975.6356 (z=22)을 선택하여 PRM을 수행합니다. PRM 셋팅은 Bottom-up방법과 동일합니다.

 

 

 

아래는 BPC와 XIC에 해당하는  크로마토그램입니다.

 

아래와 같이 PRM을 통해서 좋은 MS2 스펙트럼을 얻었습니다.

 

Proteome Discoverer 3.1 과 Prosight 4.3에서 PRM 파일 분석은 DDA와 동일하게 수행하였습니다. Pierce Intact Protein이 포함된 Sequence를 이용하여 검색하였지만 Protein G 한개의 단백질만이 정확히 검출이 되었습니다. 

 

 

ProSight 4.3에서 얻어진 Fragment map입니다.

 

PRM을 사용하면 알고 있는 단백질에 대한 재확인이나 Isoform을 분석할때 유용할듯합니다.