C.elegans Phosphopeptide Analysis with FAIMS/GL-Science TiO2 beads/PD3.1+CHIMERYS

• 많은 논문에서 많은 수의 Phosphopeptide를 검출한 실험을 보면 신기하였습니다. Enrichment하는 방법이 특별히 어려운것이 없었기 때문입니다.   하지만 직접실험을 하면 그 만큼의 숫자를 볼수 없었습니다.  이제는 질량분석기의 감도와 더불어 검색툴이 좋아져서 일반사람들도 (?)   많은 수의 Phosphopeptide 를 검출할수 있습니다

 

• 앞의 실험에서는 최근의 많이 사용되고 있는 ReSyn Biosciences 사의  Ti-IMAC Magnetic beads 를 사용하였습니다.C.elegans and Mouse Brain Phosphopeptides (over 26,000 phosphopeptides) (tistory.com)

 

• 더 많은 phosphopeptide spectra를 얻기위해서  다른 Chemistry인 TiO2를 사용하였습니다. 아주 고전적인 방법인 GL-Science사의 TiO2 beads를 이용하였습니다.  Ti-IMAC의 경우 유효기간이 있는 단점이 있습니다. 하지만 TiO2 beads는 2년전에 구매한것으로 실험했습니다.   Titansphere TiO Bulk Material | GL Sciences (glsciencesinc.com)

 

 

• Materials and Methods

• Sample: 2mg C.elegans digestion (S-trap digestion)
• Beads: 12mg TiO2 beads ( 0.6mg TiO2 beads per 100ug peptides): 
• LC-MS/MS: 11 different FAIMS CVs + OTOT DDA
• DB search: Proteome Discoverer 3.1 + CHIMERYS 2.0

 

• Raw files은 Proteome Discoverer 3.1+CHIMERYS 2.0으로 분석하였습니다. 총 37461 peptide가 검출되었고 그중에 31023개의 phosphopeptide가 검출되었습니다. 놀랍게도 80% 이상이 Phosphopeptides로 검출되었습니다. 

 

 

 

• Raw files  차후 Spectronaut를 이용한 DIA 분석시 Library Extension runs 를 위해 사용합니다. 
• FAIMS DIA 분석에서 Spectroanut 16의 Library Extension Runs 기능 활용 (tistory.com)