C.elegans and Mouse Brain Phosphopeptides (over 26,000 phosphopeptides)

크리스마스 전부터 여기는 이미 장기간 연휴에 돌입했습니다.  연구원들에게도 크리스마스전부터 연말까지는 될수 있으면 실험은 하지말고 밀린 자료들등을 정리하는 시간을 갖자고 했습니다..

 

하지만 장비가 노는 꼴을 잘 못보는 타입이라 긴 여유동안 Phosphopeptide 분석을 했습니다.  내년에 Global Phosphproteome Quantitation 분석을 제공할 예정입니다.

 

Mouse Brain과 C.elegans에서 Phopshopeptide를 Enrichment한뒤 FAIMS의 서로 다른 CV값에서 DDA로 분석하였습니다.

30V에서 80CV까지 11개의 서로 다른 값으로 분석하였습니다.

 

그리고 남는 시료는 FAIMS로 DIA를 분석하였습니다.

 

 

DDA의 경우 최근에 설치한  Proteome Discoverer 3.1과 CHIMERYS 2.0으로 분석하였습니다. DIA의 경우 Spectrtonaut 18으로 분석하였습니다.

 

아래와 같이 상당히 많은 수의 Phosphopeptide가 검출되었습니다. DDA에서는 26,000 이상의 phosphopeptide가 검출되었습니다. 또한 분획없이 분석한 DIA에서도 약 16,000개의 Phosphopeptide가 검출되었습니다. 물론 여기에는 상당히 많은 False-positive 가 포함되어 있을것입니다. 그래도 이전의 장비에서는 항상 4~5,000개를 넘지 못했는데 이 정도면 아주 만족합니다. Phospho-산타할아버지가 연말에 오셨네요