기본 PTM 검색을 위한 SEQUEST+CHIMERYS 검색

CHIMERYS를 이용한 검색시  단백질 및 펩타이드의 수를 상당히   증가시킬수 있습니다.

 

 

CHIMERYS 검색엔진 테스트 (100ng HeLa std, Eclipse) (tistory.com)

Proteome Discoverer 3.0에 CHIMERYS 설치 완료 (tistory.com)

CHIMERYS in Proteome Discoverer 3.0 (tistory.com)

 

 

하지만 단점은 기본적인 PTM(Oxidation & Carbamidomethylation)와 TMT 외에서는 설정이 되지 않습니다. US HUPO때 커피마시다가 옆에 있던  MSAID사의 CEO인 Martin과  잠시 이야기를 했습니다. 본인도  이 부분이 개선될점이라고 합니다. 사실 한개의 프로그램이 모든것은 다 잘할수 없겠지요.  

 

 

만약 N-terminal Methion loss나 acetylation, methylation, Phosphorylation과 같은 기본적인 PTM을 추가하고 검색하고 싶으면 아래와 같이 SEQUEST와 CHIMERYS를 두개를 사용해도 될것같습니다.

 

 

 

SEQUEST는 아래와 같이 다양한 PTM을 추가할수 있습니다.

 

 단백질 검출에는 CHIMERYS가 월등히 좋기 때문에 SEQUEST를 첨가한다고 단백질수가 증가되지는 않습니다. 하지만  기본적인 PTM을 추가적으로 검출하고 싶으면 이 방법도 괜찮을듯합니다.   아래와 같이 SEQUEST의 Met-Loss 의 추가로 N-terminal 부분이 검출이 되었습니다.