CHIMERYS in Proteome Discoverer 3.0

Proteome Discoverer 가 3.0 으로 업그레이드 되면서 가장 기대되는 옵션중 하나가  MSAID에서 개발한 CHIMERYS 를 사용 할 수 있다는것 입니다.  AI 기반의 프로그램인 CHIMERYS는 기존의 결과에 비해 1.5배의 단백질을 더 검출할수 있다고 합니다. 이름에서도 알수 있듯이 한 스펙트럼안에 존재하는 여러개의 다른 펩타이드 유래 피크들을 인식할수 있습니다.  그래서 DDA 분석시 일반적인 Isolation window인 1.6~2.0 Da보다 넓은 값을 사용할수 있습니다.   DIA의 장점을 어느정도 활용할수 있습니다.

 

PowerPoint Presentation (thermofisher.com)

Thermo Scientific Proteome Discoverer Software With CHIMERYS - YouTube

 

 

현재 견적을 알아보는 과정에서 몇가지 알게 된점입니다.

 

CHIMERY는 클라우드에서 운영되기 때문에 따로 Account를 가집니다. 그리고 Proteome Discover 3.0에  Default로 포함된것이 아니라 추가구매를 해야 합니다.. 또한 이것은 영구적인것이 아니라 1년 씩 License를 구매해야 됩니다. 특이한것은 클라우드 기반이라 사용시간에 제한이 있습니다.  하루에 사용할수 있는 시간에  제한이 있으며 3가지의 옵션이 있습니다. 사용하지 않을 경우 계정용량은 누적된다고 적혀있습니다(직접사용해 보지 않아서 정확하지는 않습니다).  

 

Account type Cumulative Hours Per Day Maximum capacity

Lite 6 hours 180 hours

Full 24 hours 720 hours

Plus 48 hours 1440 hours

 

제품설명에 의하면 CHIMERYS서비스는  Human sample의 1시간 분석 결과를 분석하는데 약 1시간이 걸린다고 되어 있습니다. 상당히 많은 시간이 걸립니다.  그러므로 Label-free나 분획후 분석한 모든 결과를 한번에 분석할때는 꽤 많은 시간이 걸릴듯합니다.  Full와 Plus 옵션에서는 여러개의 실험에서 얻어진 결과를 동시에 검색할수 있습니다. 그러므로 하루가 24시간이지만 Plus 옵션에서는 48시간까지 사용할수 있습니다.

 

조만간 구매해서 사용해 볼 예정입니다.

 

 

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