Two-Peptide vs Singe-Peptide rules

단백질을 검출하다보면 많은 수의 단백질이 한개의 펩타이드로 검출된 경우가 많습니다.  단순히 리스트로 보여줄때는 상관없지만  다음단계를 위해 단백질을 선정해야 할 경우에는 신중히 선택을 해야 합니다. 특히 low resolution MS/MS로 실험한 경우 한개의 펩타이드로 검출된 단백질은 더 신중히 선택해야 합니다.  검출되어야 하는 단백질이중에 이러한 단백질이 존재한다면  추가적인 검증이 필요합니다.   아무튼 한개의 펩타이드로 검출된 단백질이 진짜인지 가짜인지 확인하기 위해서는 MS/MS 스펙트럼을 반드시 확인하고 수작업으로 재확인을 합니다. 

 

아래 스펙트럽의 경우  여러개의 y and b ion이 검출이 되었지만 background 피크들과 구분이 어렵습니다.Low resolution MS/MS이기 때문에 정확히 확인하기가 어렵습니다. 그러므로 이 단백질이 실제 시료에 존재하는것인지 아닌지 확신하기가 어렵습니다.

 

 

이 단백질의 실제 존재여부를 확인하기 위해서는 PRM을 수행합니다. 일반적으로 시료는 한 두번 더 실험할 양이 있습니다.    DDA에서 어느정도 검출이 된 펩타이드는 PRM에서는 확실히 검출이 됩니다.

 

Single-peptide hit에 관련된것을 찾다가 우연히 발견한 논문입니다.  한개의 펩타이드로 검출된 단백질은 신뢰성이 떨어지기 때문에  최소 2개이상의 펩타이드로 검출된 단백질을 선택해야 된다는 규칙을 반박하는 논문입니다. 2008년도에 나왔습니다.

 

False discovery rates of protein identifications: a strike against the two-peptide rule - PubMed (nih.gov)

 

 

 

제 기억으로는 이때는 Single-hit peptide에 대한 논란이 많았던것 같습니다. 대부분 low resolution  장비였고 데이타베이스 검색에 대한 기술이 많이 발전하지 않았던 때였습니다. 그래서 종종 그 당시 논문에는 매우 많은 단백질이 검출이 된것을 볼수 있습니다. 아마 False-positive 결과값이 많이 포함되어 있었을 것입니다.

 

Two-Peptide Rule을 적용할 경우 더 좋은 결과를 얻을수 있다는 기대와는 달리 decoy database에서보다 target database에서 검출수가 줄어들수 있다는 내용입니다. 결국 false discovery rate이 줄어든다는 내용입니다.  물론 모든 결과는 2008의  기술로 결론을 낸것이라  지금에는 다른 결론이 날 수 있겠지요.  논문에는 여러가지 통계수치를 보여줍니다. 저는 Bioinformatician이 아니라 정확히는 알지 못하겠네요.