Normalization2 BoxPlotR: a web-tool for generation of box plots BoxPlotR은 웹상에서 데이타를 업로드하여 결과를 볼수 있는 프로그램입니다. 따로 프로그램을 설치할 필요가 없습니다. 앞의 글의 GianPronto에서 설명하였듯이 BoxPlot은 각각의 시료에서 얻은 정량분석값의 분포도의 재현성을 볼때 아주 유용합니다. 하지만 일반 사용자가 텍스트파일을 이용하여 그래프를 그리는것이 쉽지 않을때가 있습니다. 질량분석기에서 얻어진 결과는 매우 많은 양의 데이타가 생성되며 또한 missing value 이 존재하기 때문에 작업과정에서 오류가 종종 발생합니다. 이 프로그램은 웹상에서 특별히 데이타를 가공할 필요가 없이 얻어진 결과에 대한 txt 파일을 업로드 하면 됩니다. 얻어진 결과에 대한 그래프와 더불어 결과파일을 다운받을수 있습니다. 특별히 R 프로그램을 설치하여 분.. 2021. 8. 31. Web-based tool normalize omics data: Normalizer 사용법 Label-free 나 TMT 같은 정량분석후 변화하는 단백질의 양을 검출하기 위해서는 최초에 얻어진 값들을 normalization하는 과정이 꼭 들어갑니다. 그렇지 않으면 시료 전처리과정이나 질량분석과정에서 발생되는 오차로 인해 생기는 단백질 양의 변화를 실제 변화라고 착각하기 쉽니다. 다행히 대부분의 프로그램은 Normalization 을 수행한후 결과값이 나오기 때문에 특별히 추가로 할일은 없습니다. 예를 들면 10-Plex TMT를 이용하여 실험한후 Proteome Discover로 분석하게 되면 모든 Channel에 대해 Normalization이 됩니다. 아래는 10-Plext TMT 실험후 Normalization 이전과 이후의 Boxplot 그래프입니다. 그러나 가끔 이러한 프로그램없이 .. 2020. 6. 7. 이전 1 다음
