histone3 Orbitrap Eclipse로 Histone H3의 Middle-down 펩타이드 분석하기 Histone 은 그 특성상 일반적인 bottom-up 방법으로는 분석이 거의 불가능합니다. Propionylation 과 같은 유도체화를 시킨후 분석하는 bottom-up 과 Glu-C와 같은 enzyme을 이용하여 middle-down 방법을 사용합니다. Histone Propinolylation을 통한 bottom-up proteomic analysis (tistory.com) Histone H3 variants를 Glu-C로 절단하면 50개 이상의 amino acid를 가지는 큰 펩타이드가 생성입니다. 이렇게 긴 펩타이드에서 다양한 Isobaric PTM을 검출하는것은 쉽지 않습니다. LC와 MS 부분에서 최적화가 필요합니다. 실제 Histone 시료의 경우 다양한 PTM이 존재하기 때문에 PTM.. 2022. 5. 1. Acetyl 과 Trimethyl isobaric Histone peptides 분석 Histone PTM 분석에 있어서 까다로운 isobaric 중 하나는 Acety (+42.011 Da) 과 Trimethyl (+42.047 Da)그룹이 결합한 Isobaric form 입니다. 이 두개의 분자량은 약 0.03 Da 밖에 차이가 나지 않습니다. 이번에는 두 그룹이 각각 결합한 KQLATKAAR 의 isobaric form을 통해 분석해보았습니다. 이전글] Histone 의 Isobaric PTM Peptides 분석하기 Target Peptides K[Acetyl+Propionyl]STGGK[Propionyl]APR, m/z 528.2958 (2+) K[Trimetyl+Propionyl]STGGK[Propionyl]APR, m/z 528.3140 (2+) Skyline Template .. 2020. 12. 29. Histone 의 Isobaric PTM Peptides 분석하기 histone의 modificaiton을 분석은 다른 단백질 분석과는 다르게 상당히 어렵습니다. 그 이유중 하나는 Acetylation과 Methylation이 결합하는 Lysine이 많이 분포되어 있기 때문입니다. 즉 동일한 펩타이드임에도 서로 다른 위치에 PTM이 되어 있는 Isobaric form이 많이 존재합니다. 결합한 위치는 다르지만 전체 m/z값은 동일하며 retention time의 경우도 동일하거나 거의 유사합니다. 또한 MS/MS 의 product ion들도 겹치게 되어 일단 기존의 방법으로 명확한 분석이 어렵습니다. Human Histone 시료를 통해 설명해보겠습니다. 대표적인 Isobaric PTM 펩타이드인 H3의 KQLATKAAR를 예를 들어보겠습니다. Propionylatio.. 2020. 12. 26. 이전 1 다음
